Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations

Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations

Aim. Analysis of the hydration changes at formation of DNA complexes with biologically active aromatic compounds (BAC): antibiotics actinomycin D, daunomycin, nogalamycin, novantrone and mutagens ethidium bromide and proflavine. Methods. Molecular dynamics simulations. Results. The hydration indexes...

Повний опис

Збережено в:
Бібліографічні деталі
Дата:2010
Автори: Kostjukov, V.V., Khomutova, N.M., Evstigneev, M.P.
Формат: Стаття
Мова:English
Опубліковано: Інститут молекулярної біології і генетики НАН України 2010
Назва видання:Вiopolymers and Cell
Теми:
Structure and Function of Biopolymers
Онлайн доступ:http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153856
Теги: Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations / V.V. Kostjukov, N.M. Khomutova, M.P. Evstigneev, // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 1. — С. 36-44. — Бібліогр.: 26 назв. — англ, рос.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
id irk-123456789-153856
record_format dspace
fulltext
spelling irk-123456789-1538562019-07-06T21:39:53Z Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations Kostjukov, V.V. Khomutova, N.M. Evstigneev, M.P. Structure and Function of Biopolymers Aim. Analysis of the hydration changes at formation of DNA complexes with biologically active aromatic compounds (BAC): antibiotics actinomycin D, daunomycin, nogalamycin, novantrone and mutagens ethidium bromide and proflavine. Methods. Molecular dynamics simulations. Results. The hydration indexes for double-helical DNA and ligands in a free and complexed states were calculated. A critical analysis of modern ideas about changing water environment at binding of aromatic ligands to DNA was performed. Conclusions. It is shown that upon binding of aromatic BAC with DNA a significant (from 2.6 for novantrone to 13.1 for actinomycin D) liberation of water molecules out of hydration shells with the disruption of hydrogen bonds takes place. Цель. Исследование изменения гидратации при образовании комплексов с ДНК ароматических биологически активных соединений (БАС): антибиотиков актиномицина D, дауномицина, ногаламицина, новантрона и мутагенов бромистого этидия и профлавина. Методы. Молекулярная динамика. Результаты. Вычислены гидратационные индексы для двуспиральной ДНК и лигандов в свободном состоянии и в составе комплекса. Проведен критический анализ современных представлений об изменении водного окружения при связывании с ДНК ароматических лигандов. Выводы. Показано, что при взаимодействии ароматических БАС с ДНК происходит значительное (от 2,6 для новантрона до 13,1 для актиномицина D) высвобождение молекул воды гидратных оболочек с разрывом водородных связей. Мета. Дослідження зміни гідратації при утворенні комплексів з ДНК ароматичних біологічно активних сполук (БАС): антибіотиків актиноміцину D, дауноміцину, ногаламіцину, новантрону і мутагенів бромистого етидію і профлавіну. Методи. Молекулярна динаміка. Результати. Обчислено гідратаційні індекси для двоспіральної ДНК і лігандів у вільному стані та у складі комплексу. Проведено критичний аналіз сучасних уявлень щодо зміни водного оточення при зв’язуванні з ДНК ароматичних лігандів. Висновки. Показано, що при взаємодії ароматичних БАС з ДНК відбувається значне (від 2,6 для новантрону до 13,1 для актиноміцину D) вивільнення молекул води гідратних оболонок з розривом водневих зв’язків. 2010 Article Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations / V.V. Kostjukov, N.M. Khomutova, M.P. Evstigneev, // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 1. — С. 36-44. — Бібліогр.: 26 назв. — англ, рос. 0233-7657 DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.000142 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153856 577.113:577.32 en Вiopolymers and Cell Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
institution Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection DSpace DC
language English
topic Structure and Function of Biopolymers
Structure and Function of Biopolymers
spellingShingle Structure and Function of Biopolymers
Structure and Function of Biopolymers
Kostjukov, V.V.
Khomutova, N.M.
Evstigneev, M.P.
Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
Вiopolymers and Cell
description Aim. Analysis of the hydration changes at formation of DNA complexes with biologically active aromatic compounds (BAC): antibiotics actinomycin D, daunomycin, nogalamycin, novantrone and mutagens ethidium bromide and proflavine. Methods. Molecular dynamics simulations. Results. The hydration indexes for double-helical DNA and ligands in a free and complexed states were calculated. A critical analysis of modern ideas about changing water environment at binding of aromatic ligands to DNA was performed. Conclusions. It is shown that upon binding of aromatic BAC with DNA a significant (from 2.6 for novantrone to 13.1 for actinomycin D) liberation of water molecules out of hydration shells with the disruption of hydrogen bonds takes place.
format Article
author Kostjukov, V.V.
Khomutova, N.M.
Evstigneev, M.P.
author_facet Kostjukov, V.V.
Khomutova, N.M.
Evstigneev, M.P.
author_sort Kostjukov, V.V.
title Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
title_short Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
title_full Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
title_fullStr Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
title_full_unstemmed Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations
title_sort hydration change on complexation of aromatic ligands with dna: molecular dynamics simulations
publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
publishDate 2010
topic_facet Structure and Function of Biopolymers
url http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/153856
citation_txt Hydration change on complexation of aromatic ligands with DNA: molecular dynamics simulations / V.V. Kostjukov, N.M. Khomutova, M.P. Evstigneev, // Вiopolymers and Cell. — 2010. — Т. 26, № 1. — С. 36-44. — Бібліогр.: 26 назв. — англ, рос.
series Вiopolymers and Cell
work_keys_str_mv AT kostjukovvv hydrationchangeoncomplexationofaromaticligandswithdnamoleculardynamicssimulations
AT khomutovanm hydrationchangeoncomplexationofaromaticligandswithdnamoleculardynamicssimulations
AT evstigneevmp hydrationchangeoncomplexationofaromaticligandswithdnamoleculardynamicssimulations
first_indexed 2025-07-14T05:18:01Z
last_indexed 2025-07-14T05:18:01Z
_version_ 1837598278993051648

Схожі ресурси