Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні

Подробно описаны молекулярные характеристики украинских образцов видов рода Armillaria по результатам анализа PCR–RFLP и нуклеотидных последовательностей трех ДНК-регионов: IGS–1, ITS1–5.8S–ITS2 рДНК и фрагмента гена EF–1alpha. Проведен также филогенетический анализ идентифицированных видов с украи...

Ausführliche Beschreibung

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Datum:	2012
Hauptverfasser:	Цикун, Т.В., Просперо, С.
Format:	Artikel
Sprache:	Ukrainian
Veröffentlicht:	Інститут ботаніки ім. М.Г. Холодного НАН України 2012
Schriftenreihe:	Український ботанічний журнал
Schlagworte:	Фізіологія, біохімія, клітинна та молекулярна біологія рослин
Online Zugang:	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/174821
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Zitieren:	Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні / Т.В. Цикун, С. Просперо // Український ботанічний журнал. — 2012. — Т. 69, № 4. — C. 580-595. — Бібліогр.: 19 назв. — укр.

Institution

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	irk-123456789-174821
record_format	dspace
spelling	irk-123456789-1748212021-01-29T01:27:15Z Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні Цикун, Т.В. Просперо, С. Фізіологія, біохімія, клітинна та молекулярна біологія рослин Подробно описаны молекулярные характеристики украинских образцов видов рода Armillaria по результатам анализа PCR–RFLP и нуклеотидных последовательностей трех ДНК-регионов: IGS–1, ITS1–5.8S–ITS2 рДНК и фрагмента гена EF–1alpha. Проведен также филогенетический анализ идентифицированных видов с украинских образцов. Зафиксировано гетерогенность в последовательностях рДНК и обнаружено несколько новых профилей PCR-RFLP в каждом исследуемом регионе. На территории Украины идентифицированы шесть видов рода Armillaria: A. borealis, A. cepistipes, A. ostoyae, A. mellea, A. gallica и A. tabescens. Molecular-based characterization of Armillaria species from Ukrainian specimens was accomplished. PCR-RFLP profiles and sequences of three DNA regions: IGS-1, ITS1-5.8S-ITS2 and fragment of EF-1alpha gene were investigated. We have detected heterogeneity in rDNA region and discovered a few new PCR-RFLP profiles in each of investigated DNA region. Phylogenetic analysis of identified Armillaria species from Ukraine based on sequences results was performed. According to this study, six Armillaria species are present in the forest stands of Ukraine: A. borealis, A. cepistipes, A. ostoyae, A. mellea, A. gallica and A. tabescens. 2012 Article Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні / Т.В. Цикун, С. Просперо // Український ботанічний журнал. — 2012. — Т. 69, № 4. — C. 580-595. — Бібліогр.: 19 назв. — укр. 0372-4123 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/174821 uk Український ботанічний журнал Інститут ботаніки ім. М.Г. Холодного НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	Ukrainian
topic	Фізіологія, біохімія, клітинна та молекулярна біологія рослин Фізіологія, біохімія, клітинна та молекулярна біологія рослин
spellingShingle	Фізіологія, біохімія, клітинна та молекулярна біологія рослин Фізіологія, біохімія, клітинна та молекулярна біологія рослин Цикун, Т.В. Просперо, С. Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні Український ботанічний журнал
description	Подробно описаны молекулярные характеристики украинских образцов видов рода Armillaria по результатам анализа PCR–RFLP и нуклеотидных последовательностей трех ДНК-регионов: IGS–1, ITS1–5.8S–ITS2 рДНК и фрагмента гена EF–1alpha. Проведен также филогенетический анализ идентифицированных видов с украинских образцов. Зафиксировано гетерогенность в последовательностях рДНК и обнаружено несколько новых профилей PCR-RFLP в каждом исследуемом регионе. На территории Украины идентифицированы шесть видов рода Armillaria: A. borealis, A. cepistipes, A. ostoyae, A. mellea, A. gallica и A. tabescens.
format	Article
author	Цикун, Т.В. Просперо, С.
author_facet	Цикун, Т.В. Просперо, С.
author_sort	Цикун, Т.В.
title	Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні
title_short	Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні
title_full	Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні
title_fullStr	Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні
title_full_unstemmed	Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні
title_sort	молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду armillaria (fr.) staude (physalacriaceae), виявлених в україні
publisher	Інститут ботаніки ім. М.Г. Холодного НАН України
publishDate	2012
topic_facet	Фізіологія, біохімія, клітинна та молекулярна біологія рослин
url	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/174821
citation_txt	Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні / Т.В. Цикун, С. Просперо // Український ботанічний журнал. — 2012. — Т. 69, № 4. — C. 580-595. — Бібліогр.: 19 назв. — укр.
series	Український ботанічний журнал
work_keys_str_mv	AT cikuntv molekulârnofílogenetičnijanalízvidívroduarmillariafrstaudephysalacriaceaeviâvlenihvukraíní AT prosperos molekulârnofílogenetičnijanalízvidívroduarmillariafrstaudephysalacriaceaeviâvlenihvukraíní
first_indexed	2025-07-15T11:58:42Z
last_indexed	2025-07-15T11:58:42Z
_version_	1837714084290625536
fulltext	580 ISSN 0372-4123. Ukr. Botan. Journ., 2012, vol. 69, № 4 Т.В. ЦИКУН1, С. ПРОСПЕРО2 1 ДВНЗ «Ужгородський національний університет» вул. Волошина, 32, Ужгород, 88000, Україна tania_tsikun@yahoo.com 2 Швейцарський федеральний науково-дослідний інститут ВСЛ, відділ популяційної генетики і фітопатології Цюріхштрасе, 111, Бірменсдорф, СН 8903, Швейцарія simone.prospero@wsl.ch МОЛЕКУЛЯРНО-ФІЛОГЕНЕТИЧНИЙ АНАЛІЗ ВИДІВ РОДУ ARMILLARIA (FR.) STAUDE ( PHYSALACRIACEAE), ВИЯВЛЕНИХ В УКРАЇНІ К л ю ч о в і с л о в а: опеньок, PCR–RFLP, нуклеотидні послідовності, філогенетичний аналіз © Т.В. ЦИКУН, С. ПРОСПЕРО, 2012 Вступ Види роду Armillaria (Fr.) Staude – широко розповсюджена група ксилотроф- них базидіоміцетів лісових екосистем. Окремі види даного роду виявляють фі- топатогенні властивості, зумовлюючи білу гниль деревних і чагарникових рос- лин, інші – існують сапротрофно та забезпечують мінеральний кругообіг у лі- совому біогеоценозі (Shaw et Kile, 1991). Практичне визначення видів роду Armillaria за морфологічними ознаками ускладнене високою подібністю бази- діом видів (Roll-Hansen, 1985; Marxmüller, 1992; Antonin et al. 2009). Видове ви- значення наразі здійснюють переважно молекулярними методами. Найпо ши- ре нішим із них є аналіз нуклеотидних послідовностей або PCR-RFLP аналіз IGS–1, ITS1–5.8S–ITS2 ділянок рибосомної ДНК та фрагмента гена EF–1al- pha. Дотепер в Україні не здійснювались молекулярні дослідження цих грибів і було зареєстровано лише два їхні види: Armillaria mellea (Vahl) P. Kumm. і A. ta- be scens (Scop.) Emel (Андріанова та ін., 2006). Матеріали і методи досліджень Для молекулярної характеристики видів роду Armillaria використано 452 зраз- ки ДНК і 184 нуклеотидні послідовності. Із цих ДНК-зразків 434 було виділено з ризоморфного міцелію, базидіом або моноспорових чистих культур зразків, виявлених в Україні. Збір матеріалу для досліджень здійснювався на території Закарпатської і Рівненської областей, Кримського півострова (Ангарський пе- ревал), м. Харкова та м. Дніпропетровська. Молекулярні дослідження включали аналіз поліморфізму фрагментів по- лі меразно-ланцюгової реакції, рестрикційних фрагментів (PCR–RFLP) і нук- леотидних послідовностей ділянок рибосомної ДНК – першого зовнішнього міжгенного спейсера (IGS–1), першого та другого внутрішніх міжгенних спей- серів і гена 5.8S (ITS1-5.8S–ITS2), а також протеїн-кодуючого фрагмента гена 581ISSN 0372-4123. Укр. ботан. журн., 2012, т. 69, № 4 Elongation factor 1-alpha (EF–1alpha). Усі молекулярні лабораторні аналізи здійс- нювалися на базі Швейцарського федерального інституту досліджень ВСЛ (Swiss Federal Research Institute WSL). Отримані послідовності порівнювали з послі- довностями зразків з Північної півкулі відповідних видів, які містяться у базі даних загального доступу GenBank (Benson et al., 1982), а також із послідовнос- тями, отриманими від тестових культур п’яти європейських видів: A1, A2, A5 – Armillaria borealis Marxmuller et Korhonen, B2, B3, B5 – A. cepistipes (Velenovsky); C2, C4, C5 – A. ostoyae (Romagnesi) Herink; D1, D4, D5 – A. mellea (Vahl:Fr.) Kummer; E4, E5, E6 – A. gallica Marxmüller et Romagnesi. Тестові культури нада- ні з мікологічної колекції Інституту ВСЛ; вони є вегетативною копією оригі- нальних тестових штамів J.J. Guillaumin (INRA, Clermont-Ferrand, France). ДНК виділяли за СТАВ протоколом (Gardes et Bruns, 1993) із ліофілізова- них 30 г ризоморфного міцелію, базидіоми чи з 15 г міцелію чистих культур. ДНК ресуспендувалось у 50 мкл TE буферного розчину (10 мM Tris-HCl, 1 мM ЭДТА, pH 8.0). PCR ампліфікація трьох ділянок ДНК здійснювалася за допомогою прай- мерів: IGS–1–LR12R і O–1 (Veldman et al., 1990; Gardes et al., 1993); ITS1– 5.8S–ITS2 – ITS1 і ITS4 (White et al., 1990); для EF–1alpha –EF595F і EF1160R (Maphosa et al., 2006) – у 50 мкл об’єму з концентраціями компонентів: 1x стан- дартного буферного розчину (Sigma), 4 мМ MgCl 2 , 100 мкМ дНТФ (Promega), 0.2 мг/мл BSA (Fermentas), 20 пмоль кожного праймеру (10 пмоль для ITS прай- ме рів), 2.5 акт. од. Taq ДНК полімерази (Sigma) і 50 нг ДНК-зразка у вільній від нуклеаз воді. Умови інкубації для IGS–1 і ITS1–5.8S–ITS2: 95 C – 2 хв, 35 повторень: 95 C – 30 с, 58 C – 30 с, 72 C – 2 хв і кінцева елонгація протягом 30 хв за 72 C. PCR програма для EF–1alpha регіону: 94 C – 2 хв, 33 повторен- ня: 94 C – 30 с, 55 C – 30 с, 72 C – 2 хв і 72 C – 30 хв. Усі ампліфікації здій- снювалися за допомогою PTC-100® Thermal Cycler (Bio-Rad Inc., США). Ус- піш ність PCR-ампліфікації і довжина отриманих фрагментів ДНК перевіря- лись у 1,5%-ному горизонтальному агарозному гелі, отриманому після елек- трофорезу при 99 В/см протягом 40 хв. RFLP аналіз PCR ампліконів здійснювався з рестриктазами: AluI, HincII (HindII), Mva1269 I (BsmI) і NdeI, HinfI et MboI за інструкцією виробника (Fer- men tas). Довжина фрагментів ендонуклеазної рестрикції визначалась у 3%- ному горизонтальному агарозному гелі після електрофорезу при 99 В/см про- тягом 55 хв. Довжина вважалась ідентичною описаній у літературі за умови по- хибки до ± 10 п.о. Секвенування проводили за допомогою автоматичного секвенатора ABI PRISM 3100 (Applied Biosystems, США), після послідовної підготовки зразків із наборами Mini Elute Columns (Qiagen, Велика Британія), Big Dye Terminator Cycle Sequencing Reaction v3.1 Kit (Applied Biosystems, США), DTR Gel Filtration Cartridges (Edge BioSystems) за протоколами виробників. Обробку й аналіз отриманих послідовностей проводили за допомогою програм GeneStudio (TM) Professional Edition Version 2.1.2.3. і MEGA4. 582 ISSN 0372-4123. Ukr. Botan. Journ., 2012, vol. 69, № 4 Філогенетичний аналіз здійснювався за нуклеотидними послідовностями методом максимальної економії (МЕ). Множинне вирівнювання послідовнос- тей виконували за алгоритмом ClustalW. Як організм «поза групою» (outgroup) задіяний Heterobasidion annosum (GenBank: JN657444, JN657471, JN657498). ДНК послідовності, використані для побудови філогенетичних дендрограм, і їхні GenBank номери представлені в табл. 1. Результати досліджень та їх обговорення PCR–RFLP аналіз трьох ділянок геному Armillaria успішно здійснений для 452 зразків, його результати наведено в табл. 2. Довжини продуктів PCR були одна- кові в усіх виявлених видів лише для EF–1alpha (586 п. o.). PCR–RFLP аналіз ділянки IGS–1 з набором із чотирьох ензимів (табл. 2) показав такі основні результати: у виду A. tabescens цей ДНК регіон значно ко- ротший (840 п. o.), аніж в інших – 875–907 п. o., а в разі розщеплення AluI ре- стриктазою проявляється видоспецифічний профіль із двох фрагментів — 422 п. o. і 235 п. o.; частина зразків A. ostoyae, зокрема тестові чисті культури, не мають сайта рестрикції для ендонуклеази BsmI, і це унеможливлює їх відокрем- лення від зразків A. borealis, як описано в літературі (Harrington et Wingfield, 1995; Pérez Sierra et al., 1999). Проте, на відміну від інших, види A. ostoyae – A. bo- realis мають сайт рестрикції для ендонуклеази NdeI (профіль 550 п. o. і 360 п. o.). Усі зразки A. mellea і деякі A. ostoyae після розщеплення регіону IGS–1 ре- стриктазою Mva1269I (BsmI) проявляють профіль із двох фрагментів 567 п. o., 308 п. o. і 620 п. o. і 287 п. o. відповідно, тоді як A. gallica і A. cepistipes не мають сайта рестрикції для цього ензиму. Крім того, IGS–1 ДНК-амплікони тестової культури A. cepistipes і двох наших диплоїдних ізолятів показали новий профіль RFLP (584 п. o. і 194 п. o.) і тестовий штам A. gallica E4 (377 п. o., 182 п. o., 257 п. o.). Два додаткові профілі ідентифіковані в цьому регіоні для A. cepistipes при розщепленні рестриктазою AluI, які в сумі давали довжину вдвічі більшу, ніж амплікон PCR, і є комбінацією профілів, виявлених нами (табл. 2, A. cepistipes RFLP тип 2, 3, 6) та іншими дослідниками (Harrington, Wingfield, 1995; Pérez Sierra et al., 1999). Крім того, в цьому регіоні було зафіксовано міжвидову ком- бінацію профілів RFLP від 38 зразків, які належать до двох близькоспорідне- них видів: Armillaria gallica – A. cepistipes. PCR–RFLP аналіз регіону ITS1–5.8S–ITS2 здійснювався з ензимами: HinfI і MboI (табл. 2). Розщеплення рестриктазою MboI виявило відмінні профілі RFLP для близькоспоріднених видів Armillaria borealis – два фрагменти, а A. ostoyae – від трьох до п’яти фрагментів понад 100 п. o. Крім того, ми зафіксу- вали два нових профілі для A. ostoyae (табл. 2, тип 1 і 4). Подібно до результатів у IGS–1 регіоні рДНК шість зразків показали міжвидові варіації отриманих фрагментів ендонуклеазної рестрикції для Armillaria gallica – A. cepistipes. Одержані дані рестрикційного розщеплення ензимом AluI ампліфіковано- го регіону гена EF–1alpha відокремили зразки Armillaria gallica, які походять з європейського континенту, від інших виявлених видів цього роду і зразків A. ga- 583ISSN 0372-4123. Укр. ботан. журн., 2012, т. 69, № 4 Таблиця 1. Armillaria ДНК послідовності Походження ДНК / Країна Ізолят Послідовності IGS–1 ITS1-5.8S- ITS2 EF 1-alpha 1 2 3 4 5 A. tabescens Гаплоїдна культура / Японія 96_3_3 AB510824 AB510868 AB510805 Гаплоїдна культура / Японія 96_1_8 AB510823 AB510867 AB510804 Гаплоїдна культура / Україна HAt1S5 HQ232284 HQ232292 HQ285906 Гаплоїдна культура / Україна HAt2S5 HQ232285 HQ232293 HQ285907 Гаплоїдна культура / Україна HAt5S3 HQ232286 HQ232294 HQ285908 США CMW3158 AY773966 DQ435641 Франція CMW3165 DQ435642 Базидіома / США OOI-99 AY509192 AY213589 Базидіома / США OOI-210 AY213590 Базидіома / Сербія Qrob Subot DQ115589 Базидіома / Чехія no.519 DQ784799 A. cepistipes Гаплоїдна культура / Японія 94_46_01 AB510849 AB510898 AB510793 Гаплоїдна культура / Японія 900-10-12 AB510818 AB510862 AB510790 Гаплоїдна культура / Фінляндія B2 HQ232280 HQ232288 HQ285902 Гаплоїдна культура / Фінляндія B3 JN657418 JN657445 JN657472 Гаплоїдна культура / Італія B5 JN657419 JN657446 JN657473 Ризоморф / Україна C13AE JN657420 JN657447 JN657474 Диплоїдна культура / Україна C19AS2 JN657421 JN657448 JN657475 Ризоморф / Україна Y16AE JN657422 JN657449 JN657476 Диплоїдна культура / Україна C5C-S1 JN657423 JN657450 JN657477 Ризоморф / Україна S11A-E JN657424 JN657451 JN657478 Чехія BRNM706814 EU257709 EU257715 EU251395 Базидіома / Канада S20 AY509183 AY213582 Базидіома / США W113 AY509184 AY213583 A. gallica Гаплоїдна культура / Японія NA13 AB510842 AB510890 AB510760 Гаплоїдна культура / Японія NA4 AB510834 AB510881 AB510761 Гаплоїдна культура / Франція E5 HQ232283 HQ232291 HQ285905 Гаплоїдна культура / Франція E4 JN657425 JN657452 JN657479 Гаплоїдна культура / Франція E6 JN657426 JN657453 JN657480 Гаплоїдна культура / Україна HY1 JN657427 JN657454 JN657481 Гаплоїдна культура / Україна HY2a JN657428 JN657455 JN657482 Гаплоїдна культура / Україна C1A_S JN657429 JN657456 JN657483 584 ISSN 0372-4123. Ukr. Botan. Journ., 2012, vol. 69, № 4 Диплоїдна культура / Україна Y11DS1 JN657430 JN657457 JN657484 Диплоїдна культура / Україна Y7C-S1 JN657431 JN657458 JN657485 Ризоморф / Україна E1E igs Ризоморф / Україна N2 its Чехія BRNM706835 EU636240 EU257718 EU251390 США CMW 3717 DQ435629 США CMW 6901 DQ435628 Базидіома / Канада M70 AY509171 AY213568 Базидіома / США ST23 AY509173 AY213671 A. ostoyae Гаплоїдна культура / Японія NC8 AB510848 AB510897 AB510782 Гаплоїдна культура / Японія 2002_66_03 AB510847 AB510896 AB510781 Гаплоїдна культура / Франція C5 HQ232281 HQ232289 HQ285903 Гаплоїдна культура / Фінляндія C2 JN657432 JN657459 JN657486 Гаплоїдна культура / Фінляндія C4 JN657433 JN657460 JN657487 Базидіома / Україна BpAc2 igs Ризоморф / Україна Y17DS JN657434 JN657461 JN657488 Гаплоїдна культура / Україна HpAg1 JN657435 JN657462 JN657489 Міцеальна плівка, Швейцарія D20 JN657436 JN657463 JN657490 Канада V91-02 FJ618667 Канада SP84-20 FJ618668 Спорова суспензія / США ST1 AY509154 AY213552 Базидіома / США P1404 AY509157 AY213554 Чехія BRNM706815 EU257711 EU257717 EU251400 A. mellea Японія 94_5 AB510833 AB510880 AB510802 Базидіома / Японія A_12 AB510820 AB510863 AB510801 Гаплоїдна культура / Франція D4 HQ232282 HQ232290 HQ285904 Гаплоїдна культура / Франція D1 JN657437 JN657464 JN657491 Гаплоїдна культура / Франція D5 JN657438 JN657465 JN657492 Гаплоїдна культура / Україна HY-3 JN657439 JN657466 JN657493 Гаплоїдна культура / Франція HIEFpAm igs США CMW4605 DQ435633 США CMW3964 DQ435634 США B927 AF163608 AF163595 США B931 AF163607 AF163596 Продовження табл. 1 Походження ДНК / Країна Ізолят Послідовності IGS–1 ITS1-5.8S- ITS2 EF 1-alpha 1 2 3 4 5 585ISSN 0372-4123. Укр. ботан. журн., 2012, т. 69, № 4 llica з інших географічно віддалених локалітетів. Так, послідовності зразків A. ga- llica показали один фрагмент (більше 90 п. o.) 560 п. o. під час розщеплення, інші види – два фрагменти 444 п. o. і 156 п. o. Слід зазначити, що PCR–RFLP аналіз фрагмента EF–1alpha не виявив гібридних профілів. Для філогенетичного аналізу було отримано 106 послідовностей трьох ре- гіонів ДНК видів Armillaria. Ці послідовності ДНК донатовані у GenBank. Хоча всі продукти PCR показували один фрагмент в агарозному гелі, диморфізм був зареєстрований у численних локусах для всіх проаналізованих ділянок ДНК (65 % IGS–1, 61 % ITS1–5.8S–ITS2 і 39 % EF–1alpha послідовностей). Зде бі ль- шо го гетерогенність виявлена в диплоїдних зразків Armillaria, але також у трьох зразках від гаплоїдних культур за рДНК. Деякі автори описували гетероген- ність диплоїдних ізолятів різних видів Armillaria раніше (Pérez Sierra et al., 1999; Lochman et al., 2004; Ke a et al., 2006; Hanna et al., 2007). У літературі відомо два основних пояснення: 1 – гетерозиготність зразків, при цьому деякі дослідники вважають, що поява гібридних профілів PCR–RFLP і наявність диморфних локусів є результатом міжвидового схрещування (Pérez Sierra et al., 1999; Lo- chman et al., 2004, Ke a et al., 2006); 2 – наявність дивергентних копій тандемно повторюваного комплексу генів і міжгенних ділянок рДНК як наслідок неза- вершеної гомогенізації у процесі еволюції видів Armillariа (Hanna et al., 2007; Antonin et al., 2009). На користь останньої гіпотези свідчать наші результати, а саме – виявлений диморфізм у рДНК від гаплоїдних чистих культур, водночас A. borealis Гаплоїдна культура / Фінляндія A1 JN657440 JN657467 JN657494 Гаплоїдна культура / Фінляндія A2 HQ232279 HQ232287 HQ285901 Гаплоїдна культура / Німеччина A5 JN657441 JN657468 JN657495 Ризоморфи, Швейцарія A618 JN657442 JN657469 JN657496 Ризоморфи, Швейцарія A722 JN657443 JN657470 JN657497 Чехія BRNM699842 EU257708 EU251402 Ризоморф / Норвегія 1991-612/7 GQ847516 Міцеліальна плівка / Норвегія 1991-347/6/2 GQ847518 Росія PA87-82 FJ664576 FJ618642 Росія B1 (92142/2) AJ250052 Німеччина CMW3182 DQ435623 Фінляндія CMW3172 DQ435624 Закінчення табл. 1 Походження ДНК / Країна Ізолят Послідовності IGS–1 ITS1-5.8S- ITS2 EF 1-alpha 1 2 3 4 5 586 ISSN 0372-4123. Ukr. Botan. Journ., 2012, vol. 69, № 4 Таблиця 2. Рестрикційні профілі IGS–1, ITS1–5.8S–ITS2і EF–1alpha регіонів ДНК Вид Кіль- кість зразків Тип RFLP профілю PCR п. о. Довжина фрагментів після розщеплення ензимами, п. о.1 1 2 3 4 5 6 7 8 IGS–1 Ензим AluI HincII BsmI NdeI Armillaria borealis Літературні дані3: 920 310; 200; 104 310; 200; 135 В В В В Н В 5 1 907 (A1;A2;A5)2 308; 104; 191 В В 548;359 A. cepistipes Літературні дані: 920 399; 200; 183 310; 200; 135 Н В В 3 13 12 69 71 151 1 2 3 4 5 6 907 (B5) 584;194 584; 401; 194; 182 584; 308; 194; 135 401; 182;194 (B2; B3) 308; 194; 135 401; 308; 194; 182; 135; 584;323 584;323 584;323 584;323 584;323 584;323 В В В В В В В В В В В В A. ostoyae Літературні дані: 920 310; 200; 135 В Н Н 6 1 2 895 (C4) 308; 197;135 (C2; C5) 308; 197;135 В В 620; 287 В 547;360 547;360 A. mellea Літературні дані: 875 320; 155 320; 180; 155 В Н В 5 1 875 (D2; D4; D5) 317;175;151 В 567;308 В A. gallica Літературні дані: 920 399; 250; 240; 183 390; 230; 190 Н В В 1 67 3 1 2 3 907 (E4) 377; 257;182 (E5; E6) 401; 233;182 401; 247;182 560;347 584;323 584;323 В В В В В В A. tabescens Літературні дані: 850 430; 240 6 1 840 422; 240 368;539 583; 324 В RFLP профіль A. cepistipes /A. gallica 20 12 5 1 1 2 3 4 907 401; 308; 233; 135; 182; 194 401; 233; 182; 194 584; 401; 233;194; 182 584; 233; 194 584;323 584;323 584;323 584;323 В В В В В В В В ITS1–5.8S–ITS2 Ензим HinfI MboI A. borealis Літературні дані: 870 315; 172; 103 587; 261 3 1 870 (A1; A2; A5) 316; 172; 104 586; 262 587ISSN 0372-4123. Укр. ботан. журн., 2012, т. 69, № 4 Закінчення табл. 2 Вид Кіль- кість зразків Тип RFLP профілю PCR п. о. Довжина фрагментів після розщеплення ензимами, п. о.1 1 2 3 4 5 6 7 8 A. cepistipes Літературні дані: 870 323; 227; 132; 103 323; 227; 132; 175; 103 323; 227; 132; 103; 67–71 371; 261; 215 371;261; 215; 233; 138 371; 261; 215 29 1 870 (B2; B3; B5) 316; 227; 132;104 372; 262; 214 A. ostoyae Літературні дані: 870 316; 228; 103 316; 228; 103; 144 316; 228; 103 316; 228; 103 316; 228; 103; 144 316; 228; 103 262; 214; 235; 137 262; 214; 235; 137 351; 262; 235 351; 262; 235; 214; 137 351; 262; 235 262; 235; 214; 137; 124 1 4 1 2 1 2 3 4 870 (C4) 325; 228; 94 (C5) 316; 228; 103 (C2) 316; 228; 103 316; 228; 115 271; 226; 214; 137 262; 235; 214; 137 351; 262; 235 262; 214; 185; 124; A. mellea Літературні дані: 870 401; 211; 159; 103 401; 370; 103 276; 215; 244; 125 276; 215; 244; 125 4 1 1 2 880 (D1; D4; D5) 400; 211; 160; 91 400; 371; 101 277; 215; 241; 125 277; 215; 241; 125 A. gallica Літературні дані: 870 317; 228; 103; 69–63 317; 228; 103; 63–56 317; 228; 106-103; 56 371; 261; 215 371;261; 215; 233; 138 371; 261; 215 38 1 1 2 870 (E4; E5) 316; 227; 104 (E6) 316; 227; 117 372; 262; 214 372; 262; 214 A. ta bes cens Літературні дані: 870 318; 125–129; 103–93 264; 219-216; 126 4 1 830 315; 125–129; 93 261; 216-205; 126 RFLP про- філь A. ce- pis tipes /A. gallica 6 1 870 316; 227;132; 104 372; 262; 214 EF–1alpha Ензим AluI A. borealis 3 1 586 (A1; A2; A5) 156; 430 A. cepis ti pes 80 1 586 (B2; B3; B5) 156; 430 A. ostoyae 4 1 586 (C2; C4; C5) 156; 430 A. mellea 3 1 586 (D2; D4; D5) 156; 430 A. tabescens 4 1 586 156; 430 A. gallica 12 1 586 (E4; E5; E6) 546 1 Наявність сайта рестрикції – «Н» або його відсутність «В». 2 У дужках вказано тестові культури відповідного RFLP профілю. 3 RFLP профілі для IGS–1, наведені за T.C. Harrington et B. D. Wingfield (1995), A. Pérez Sierra et al. (1999) i M.C. Kim et al. (2000), для ITS1–5.8S–ITS2 – за J. Lochman et al. (2004). 588 ISSN 0372-4123. Ukr. Botan. Journ., 2012, vol. 69, № 4 його відсутність у послідовностях неповторюваного регіону EF–1alpha цих са- мих зразків. Натомість гетерогенність деяких диплоїдних зразків за неповторю- ваним EF–1alpha геном можна пояснити гетерозиготністю диплоїдних зразків. IGS–1 філогенетичне дерево показано на рис. 1, в кінцевій матриці даних для визначення його топології із 985 позицій 322 були інформативними, індекс стійкості Сі = 0.724, індекс утримання Ri = 0.936. Рис. 1. IGS–1 МЕ філогене- тичне дерево, де вище ліній наведена статистична під- тримка бут-стреп тесту (1000 вибірок), більша за достовір- ну (50 %), а нижче – довжи- на (> 1), пропорційна філо- генетичній віддаленості Fig. 1. IGS-1 MP phylogenetic tree: length values, proportional to phylogenetic distance, are shown below the tree branches (>1), while percentage of boot s- trap support (1000 replicates) greater than 50 % are shown above the tree branches 589ISSN 0372-4123. Укр. ботан. журн., 2012, т. 69, № 4 У дендрограмі чітко вирізнялися дві основні групи A. mellea та підклада з усіма іншими видами. Найбільш філогенетично віддалену групу до інших видів Armillaria в основній підкладі сформували зразки виду A. tabescens, які утворювали сусідню кладу до кластерів близькоспоріднених видів A. ostoyae – A. borealis і A. cepistipes – A. gallicа. У межах єдиного з A. ostoyae кластера A. borealis формували видоспеци- фічну монофілетичну групу (бут-стреп 99 %), тоді як A. ostoyae – дві групи. Одна з них показала тісніший еволюційний зв’язок із зразками A. borealis (підтримка 98%), інша розташовувалася на паралельній сусідній гілці з підтримкою 92 %. Зразки A. cepistipes і A. gallica не утворювали видоспецифічні групи в межах спільної підклади і не проявляли філогеографічної диференціації (рис. 1). ITS1-5.8S-ITS2 філогенетичне дерево показано на рис. 2. У ITS1-5.8S- ITS2 матриці даних із 1002 позицій 145 були парсімоно інформативними, ін- декс стійкості Сі = 0.724, індекс утримання Ri = 0.913. Рис. 2. ITS1–5.8S–ITS2 МЕ філо- ге не тич не дерево, де вище лі ній на- ведена ста тис тична підтримка бут- стреп тесту (1000 вибірок), більша за дос товірну (50 %), а нижче – дов- жина (> 1), пропорційна філоге- нетичній віддаленості Fig. 2. ITS1–5.8S–ITS2 MP phy lo- genetic tree: length values, pro por- tio nal to phylogenetic distance, are shown below the tree branches (>1), while percentage of bootstrap support (1000 replicates) greater than 50 % are shown above the tree branches 590 ISSN 0372-4123. Ukr. Botan. Journ., 2012, vol. 69, № 4 Загалом обидві дендрограми показують подібні результати. А саме: (1) ут- во рення двох основних клад A. mellea та інших видів; (2) філогеографічну ди- ференціацію всередині видоспецифічних підклад A. tabescens, A. mellea та (3) ге не тичну віддаленість A. tabescens; (4) формування видоспецифічної клади A. bo realis із високою статистичною підтримкою 79 % у межах спільного з A. os- toyae кластера; (5) зразки A. ostoyae, у свою чергу, не утворювали статистично достовірної монофілетичної клади, але показували географічну диференціа- цію; (6) зразки, які належать до видів A. cepistipes і A. gallica, також не формува- ли видоспецифічні кластери. Суттєвою відмінністю цієї кладограми від попе- редньої є те, що резолюція інформативних нуклеотидних сайтів у цьому регіоні ДНК дає змогу відокремити послідовності зразків A. cepistipes з Європейського континенту із суттєвою статистичною підтримкою (93 %), але такої тенденції для зразків A. gallica ми не спостерігали. EF–1alpha філогенетичне дерево відображено на рис. 3. Із 598 позицій 127 були парсімоно інформативними, Сі = 0.624, Ri = 0.895. У цій дендрограмі Рис. 3. EF-1alpha МЕ філогенетичне де рево, де вище ліній наведена статис- тична підтримка бут-стреп тесту (1000 вибірок), більша за достовірну (50 %), а нижче – довжина (> 1), пропорційна філогенетичній віддаленості Fig. 3. EF-1alpha MP phylogenetic tree: length values, proportional to phylogenetic distance, are shown below the tree bran- ches (>1), while percentage of bootstrap su- p port (1000 replicates) greater than 50 % are shown above the tree branches 591ISSN 0372-4123. Укр. ботан. журн., 2012, т. 69, № 4 окремо сформувалася клада безкільцевого A. tabescens, від усіх інших видів Armillaria, які морфологічно відрізняються наявністю кільця на плодовій ніжці базидіоми. У другому основному кластері помітно виділився генетично відда- лений видоспецифічний кластер A. mellea з 99 % бут-стреп підтримкою. На відміну від філогенетичних дерев, побудованих на основі аналізу послідовнос- тей міжгенних ділянок рДНК, у цій дендрограмі не формувалися клади близь- коспоріднених видів із достовірною статистичною підтримкою. Однак уперше зразки, що належать до генетично, морфологічно й екологічно близьких видів A. cepistipes і A. gallica, утворили видоспецифічні кластери з достовірною (> 50 %) статистичною підтримкою. Послідовності A. borealis розділились на дві групи, одна з яких виявила філогенетичну близькість у цьому ДНК регіоні до зразків A. ostoyae з Північної Америки, а інша – до зразків A. ostoyae з Єв ро пей- сь кого континенту. Слід зазначити, що отримана нами EF–1alpha дендрограма дещо відрізняється від дендрограми, опублікованої Л. Мафозою зі співавтора- ми (Maphosa et al., 2006), де послідовності A. tabescens формували єдину кладу із A. borealis, а не з A. ostoyae. Таку відмінність можна пояснити тим, що в цьому дослідженні філогенетичні зв’язки встановлювалися між ширшим рядом видів Armillaria, отриманих з обох півкуль, і кількість послідовностей європейських видів була досить обмеженою, тому резолюція такої вибірки дає менш чітку картину філогенетичних взаємозв’язків досліджуваних нами видів. Денд ро гра- ми, побудовані на основі послідовностей від зразків Armillaria лише з Північної Рис. 4. Комплексне МЕ філогене- тичне дерево за нуклеотидними послідовностями IGS–1, ITS1– 5.8S–ITS2 і фрагмента гена EF– 1alpha, де вище ліній наведена ста- тистична підтримка бут-стреп тес- ту (1000 вибірок), більша за дос- товірну (50 %), а нижче – довжина (> 1), пропорційна фі ло генетичній віддаленості Fig. 4. Сombined MP phylogenetic tree based on sequences of IGS–1, ITS1–5.8S–ITS2 and EF–1alpha re gions: length values, proportional to phylogenetic distance, are shown below the tree branches (>1), while per centage of bootstrap support (1000 replicates) greater than 50 % are shown above the tree branches 592 ISSN 0372-4123. Ukr. Botan. Journ., 2012, vol. 69, № 4 півкулі або Європи у працях І. Хасегави зі співавторами і В. Антоніна зі співав- торами (Hasegawa et al., 2010; Antonin et al., 2009), узгоджуються з отриманими нами результатами. Філогеографічне порівняння. Успішне окреслення зразків Armillaria за допо- могою молекулярних даних стосовно географічного походження застосовували в багатьох попередніх дослідженнях. Так, T. C. Harrington i B. D. Wingfield (1995) виявили, що північноамериканські види A. mellea і A. gallica мають відмінні AluI профіля RFLP від відповідних видів з європейського континенту. Філогенетичні дослідження видів роду Armillaria двох півкуль (Західна та Східна) показали, що види кожної півкулі формують окремі кластери (Coetzee et al., 2005). Для філоге- ографічного порівняння ми використали послідовності зразків видів роду Ar- millaria, ідентифікованих в Україні, і послідовності відповідних видів із Північної Америки, Європи та Японії. Для окремих видів результати дещо відрізнялися. Так, у трьох кладограмах зразки A. mellea групувалися відповідно до їхнього гео- графічного походження, A. tabescens показували такий самий філогеографічний сигнал у ділянках рДНК, але не в EF–1alpha дендрограмі. Зразки A. ostoyae, по- при нечітку диференціацію за видовою приналежністю в усіх трьох дендрогра- мах ДНК-регіонів, формували окремі підклади відповідно до географічного по- ходження. Зразки A. cepistipes у IGS–1 кладограмі не проявляли філогеографіч- ного сигналу, тоді як у кладограмі ITS зразки з Європи сформували єдину ста- тистично достовірну кладу; також в EF–1alpha ми спостерігали досить чітку ди- ференціацію зразків за географічним походженням. Зразки A. gallica з Європи лише у EF–1alpha сформували статистично достовірну єдину кладу, але навіть у цьому ДНК-регіоні зразки з Японії та Північної Америки географічних клад не утворювали. У переважній більшості зразки, зібрані в Україні, кладувалися з ін- шими зразками з Європейського континенту. Оскільки зразки ідентичних видів із географічно віддалених локалітетів молекулярно різняться від зразків з Європейського континенту, подальші до- слідження ми проводили лише для нуклеотидних послідовностей грибів, отри- маних з Європи. IGS–1, ITS1-5.8S-ITS2, EF–1alpha філогенетичне дерево за аналізом по- слідовностей одночасно трьох ДНК-регіонів геному Armillaria відтворено на рис. 4. Українські зразки тут представлені шістнадцятьма послідовностями. Із 2216 позицій 440 були парсімоно інформативними, Сі = 0.773, Ri = 0.919. Суттєвою відмінністю останньої дендрограми є формування чітких видо- специфічних клад, що відповідають біологічній диференціації видів цього роду. Тобто, подібно до EF–1alpha дендрограми, послідовності A. tabescens сформу- вали видоспецифічну сусідню кладу до інших видів Armillaria. У кластері видів Armillaria, які мають залишки часткового покривала на ніжці базидіоми, зразки A. mellea і виявили себе як найбільш генетично віддалений вид від двох груп близькоспоріднених європейських видів. Ці види, у свою чергу, розділились на два паралельні кластери – Armillaria gallica – A. cepistipes, A. ostoyae – A. borealis майже з однаковою філогенетичною дистанцією і статистичною підтримкою 593ISSN 0372-4123. Укр. ботан. журн., 2012, т. 69, № 4 99 %. У межах кластерів близькоспоріднених видів зразки, які належать до різ- них біологічних видів, сформували видоспецифічні клади з високими статис- тичними підтримками бут-стреп тесту (60–99 %). Висновки Отже, за результатами молекулярно-філогенетичного аналізу встановлено, що на території України рід Armillaria представлений щонайменше шістьма видами, а саме: Armillaria mellea, A. tabescens, A. gallica, A. cepistipes, A. ostoyae, A. borealis. Усі вони широко розповсюджені в лісах Європейського континенту. Філогенетичний аналіз виявлених видів роду Armillaria показав, що укра- їнські штами генетично ближчі до штамів з інших регіонів Європейського кон- тиненту, ніж до таких з Північної Америки та Японії. Встановлено, що найточ- ніше відображаються філогенетичні зв’язки за сучасним уявленням про дифе- ренціацію видів у роді Armillaria в разі комплексного використання нуклеотид- них послідовностей щонайменше трьох регіонів ДНК, наприклад – IGS–1, ITS1–5.8S–ITS2 та EF–1alpha, при цьому обмежуючи географічне походжен- ня зразків до одного континенту. Молекулярні характеристики українських зразків узгоджуються з поперед- ньо опублікованими даними для відповідних видів. Так, підтверджено, що зразки A. tabescens з України мають також коротший PCR-продукт (840 п. o.) у IGS–1 регіоні порівняно з іншими видами (875–907 п. o.) і видоспецифічний профіль із AluI ензимом (422 п. o. і 235 п. o.). Разом з тим виявлено низку від- мінностей, які є суттєвими для ідентифікації видів роду Armillaria, а саме: від- сутність сайта рестрикції для ендонуклеази BsmI у IGS–1 регіоні рДНК у деяких зразках A. ostoyae, що унеможливлює їхнє відокремлення від зразків A. borealis, як описано в літературі. Проте обидва види мають сайт рестрикції з NdeI ре- стриктазою у IGS–1 регіоні (профіль 550 п. o. і 360 п. o.), на відміну від інших видів. Окрім того, A. borealis відрізняється від A. ostoyae зразків за PCR–RFLP профілем після розщеплення регіону ITS1–5.8S–ITS2 рестриктазою MboI (A. borealis проявляє два фрагменти: 586 п. o. і 262 п. o., а A. ostoyae – три і біль- ше). Зразки A. mellea з України виявляють у IGS–1 регіоні раніше описаний у літературі профіль ( 567 п. o. і 308 п. o.) з Mva1269I (BsmI) рестриктазою, який відокремлює цей вид від A. gallica і A. cepistipes. Уперше з’ясовано, що для близь- коспоріднених видів A. gallica і A. cepistipes характерні чітко відмінні PCR–RFLP профілі з AluI рестриктазою у консервативній неповторюваній ділянці геному фрагмента гена EF–1alpha (A. gallica – 560 п. o., A. cepistipes – 444 п. o. і 156 п. o.). Таким чином, усі виявлені в Україні види Armillariа можна послідовно ідентифікувати за PCR–RFLP-аналізом трьох регіонів ДНК – IGS–1, ITS1– 5.8S–ITS2 та EF–1alpha. Автори глибоко вдячні Swiss National Science Foundation за фінансову підтрим- ку дослідження, колективу Swiss Federal Research Institute WSL і співробітникам біологічного факультету УжНУ. 594 ISSN 0372-4123. Ukr. Botan. Journ., 2012, vol. 69, № 4 СПИСОК ЛІТЕРАТУРИ 1. Андріанова Т.В., Гайова В.П., Гелюта В.П. та ін. Гриби України // http://www.cybertruffle. org. uk/ukrafung/ukr 2. Antonin V., Tomšovský M., Sedlák P., Májek T., Jankovský L. Morphological and molecular cha rac- terization of the Armillaria cepistipes – A. gallica complex in the Czech Republic and Slovakia // Mycol. Progr. – 2009. – 8. – P. 259–271. 3. Benson D. A., Karsch-Mizrachi I., Ostell J., Sayers E. W. GenBank // NCBI (National Center for Biotechnol. Inf.), USA. – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank 4. Coetzee M.P.A., Wingfield B.D., Bloomer P., Wingfield M.J. Phylogenetic analyses of DNA se- quences reveal species partitions amongst isolates of Armillaria from Africa // Plant Pathol. – 2005. – 54. – P. 36–45. 5. Duchesne L.C., Anderson J.B. Location and direction of transcription of the 5S rRNA gene in Armillaria // Mycol. Res. – 1990. – 94. – P. 266–269. 6. Gardes M., Bruns T.D. ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes amplification to the identification of mycorrhizae and rusts // Mol. Ecol. – 1993.– 2. – P. 113–118. 7. Hanna J.W., Klopfenstein N.B., Kim M.S. et al. Phylogenetic patterns of Armillaria ostoyae in the western United States // Forest Pathology. – 2007. – 37. – P. 192–216. 8. Harrington T. C., Wingfield B. D. A PCR–based identification method for species of Armillaria // Mycologia. – 1995. – 87. – P. 280–288. 9. Hasegawa E., Ota Y., Hattori T., Kikuchi T. Sequence-based identification of Japanese Armillaria spe- cies using the elongation factor-1 alpha gene // Mycologia. – 2010.– 102(4). – P. 898–910. 10. Ke a N., Bodles W.J.A., Woodward S. et al. Molecular–based identification and phylogeny of Ar millaria species from Serbia and Montenegro // Forest Pathology. – 2006. – 36. – P. 41–57. 11. Kim M.S., Klopfenstein N.B., McDonald G.I. et al. Characterization of North American Armillaria species by nuclear DNA content and RFLP analysis // Mycologia. – 2000. – 92. – P. 874–883. 12. Lochman J., Sery O., Mikes V. The rapid identification of European Armillaria species from soil samples by nested PCR // FEMS Microbiol. Lett. – 2004. – 237. – P. 105–110. 13. Maphosa L., Wingfield B.D., Coetzee M. P.A. et al. Phylogenetic relationships among Armillaria species inferred from partial elongation factor 1–alpha DNA sequence data // Australas Plant Pathal. – 2006. – 35. – P. 513–520. 14. Marxmüller H. Some notes on the taxonomy and nomenclature of five European Armillaria spe- cies // Mycotaxon. – 1992. – 44(2). – P. 267–274. 15. Pérez Sierra A., Whitehead D.S., Whitehead M.P. Investigation of a PCR-based method for the routine identification of British Armillaria species // Mycol. Res. – 1999. – 103 – P. 1631–1636. 16. Roll-Hansen F. The Armillaria species in Europe // Europю J. Forest Pathol. – 1985. – 15. – P. 22–31. 17. Shaw C.G.III., Kile G.A. Armillaria Root Disease. Agricultural Handbook.– № 691. USDA. – Washington: Forest Service, DC, 1991. – 233 p. 18. Veldman G.M., Klootwijk J., Regt V.C.H.F. d., Rudi R.J. The primary and secondary structure of yeast 26S rRNA // Nucleic Acids Res. – 1981. – 9. – P. 6935–6952 19. White T.J., Bruns T.D., Lee S.B., Taylor J.W. Analysis of phylogenetic relationships by am pli fi- ca tion and direct sequencing of ribosomal genes // PCR Protocols / M.A. Innis, D.H. Gelfand, J.J. Sninsky, T.J. White. – New York: Acad. Press, 1990. – P. 315–322. Рекомендує до друку Надійшла 07.02.2012 р. І.В. Косаківська 595ISSN 0372-4123. Укр. ботан. журн., 2012, т. 69, № 4 Т.В. Цыкун1, С. Просперо2 1 ГВУЗ «Ужгородский национальный университет», Украина 2 Швейцарский федеральный научно-исследовательский институт ВСЛ МОЛЕКУЛЯРНО-ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ВИДОВ РОДА ARMILLARIA (FR.) STAUDE (PHYSALACRIACEAE), ОБНАРУЖЕННЫХ В УКРАИНЕ Подробно описаны молекулярные характеристики украинских образцов видов рода Ar mi- llaria по результатам анализа PCR–RFLP и нуклеотидных последовательностей трех ДНК- регионов: IGS–1, ITS1–5.8S–ITS2 рДНК и фрагмента гена EF–1alpha. Проведен также фи- логенетический анализ идентифицированных видов с украинских образцов. Зафиксировано гетерогенность в последовательностях рДНК и обнаружено несколько новых профилей PCR-RFLP в каждом исследуемом регионе. На территории Украины идентифицированы шесть видов рода Armillaria: A. borealis, A. cepistipes, A. ostoyae, A. mellea, A. gallica и A. ta- bescens. К л ю ч е в ы е с л о в а: виды рода Armillaria, PCR-RFLP, нуклеотидные последовательности, филогенетический анализ. T.V. Tsykun1, S. Prospero2 1 Uzhgorod National University, Ukraine 2 Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research WSL, Zürcherstrasse 111, Birmensdorf, Switzerland MOLECULAR-PHYLOGENETIC ANALYSIS OF ARMILLARIA (FR.) STAUDE (PHYSALACRIACEAE) SPP. FROM UKRAINE Molecular-based characterization of Armillaria species from Ukrainian specimens was accomplished. PCR-RFLP profiles and sequences of three DNA regions: IGS-1, ITS1-5.8S-ITS2 and fragment of EF-1alpha gene were investigated. We have detected heterogeneity in rDNA region and discovered a few new PCR-RFLP profiles in each of investigated DNA region. Phylogenetic analysis of identified Armillaria species from Ukraine based on sequences results was performed. According to this study, six Armillaria species are present in the forest stands of Ukraine: A. borealis, A. cepistipes, A. ostoyae, A. mellea, A. gallica and A. tabescens. K e y w o r d s: species of Armillaria fungi, PCR-RFLP, sequences, phylogenetic analysis.

Молекулярно-філогенетичний аналіз видів роду Armillaria (Fr.) Staude (Physalacriaceae), виявлених в Україні

Institution

Ähnliche Einträge