Вивчення поліморфізму довжини інтронів генів α-тубуліну як метод аналізу генетичної диференціації рослин - Пірко, Я.В.; Постовойтова, А.С.; Рабоконь, А.М.; Калафат, Л.О.; Приваліхін, С.М.; Білоножко, Ю.О.; Пірко, Н.М.; Блюм, Я.Б. (Український ботанічний журнал, 2018)
Розроблено та впроваджено новий вид ДНК-маркерів, які ґрунтуються на аналізі поліморфізму І інтрону генів α-тубуліну. Здійснено біоінформаційний пошук генів α-тубуліну Arabidopsis thaliana, Linum usitatissimum, Oryza sativa, Solanum tuberosum, Solanum lycopersicum. Показано, що більшість генів α-тубуліну містили по 4–5 екзонів та 3–4 інтрони. Виявлено декілька винятків, зокрема ген α-тубуліну A. thaliana TUBA6 містить лише 2 екзони та 1 інтрон, а ген TUBA4 – 3 екзони та 2 інтрони. Встановлено, що довжини інтронів значною мірою відрізняються, навіть у межах одного виду. Також виявлено певну системність у кількості пар нуклеотидів екзонів. На основі даних аналізу екзон-інтронної структури генів α-тубуліну розроблено пару універсальних вироджених праймерів та проведено оцінку поліморфізму довжини І інтрону генів α-тубуліну в Arabidopsis thaliana та різних сортів L. usitatissimum, O. sativa, S. tuberosum та S. lycopersicum. Показано утворення видоспецифічних ДНК-профілів, які містили різну кількість ампліконів І інтрону генів α-тубуліну. Діапазон варіювання розмірів ампліконів фрагментів інтронів, наприклад у S. tuberoum, становив 150–2 000 п. н. Природа появи великих фрагментів ДНК (понад 1 500 п. н.) у електрофоретичних спектрах проаналізованих видів потребує додаткових досліджень, оскільки такі фрагменти в цілому не передбачені результатами біоінформаційного аналізу. Виявлено поліморфізм довжини окремих фрагментів інтронів α-тубуліну серед сортів L. usitatissimum, O. sativa, S. lycopersicum, S. tuberosum, що дозволило диференціювати їх між собою. Отримані результати підтверджують доцільність подальшого використання поліморфізму довжин І інтрону генів α-тубуліну для генотипування та оцінки генетичної різноманітності різних видів та сортів вищих рослин. Розроблена ДНК-маркерна система є універсальною й поєднує в собі надійність, швидкість отримання вихідних даних і простоту їхнього аналізу.