In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2
The aims – to find of gvp-clasters in the genome of S. globisporus 1912-2. Methods. The programs BLASTN were used for in silico analysis of the S. globisporus 1912-2 contigs library. Results. Two gvp-clusters in the library of S. globisporus 1912-2 chromosome fragments were found. One gvp-cluster...
Збережено в:
Дата: | 2015 |
---|---|
Автор: | |
Формат: | Стаття |
Мова: | Ukrainian |
Опубліковано: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2015
|
Назва видання: | Фактори експериментальної еволюції організмів |
Теми: | |
Онлайн доступ: | http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/177548 |
Теги: |
Додати тег
Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
|
Назва журналу: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
Цитувати: | НазваниеIn silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 / Л.В. Поліщук // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2015. — Т. 17. — С. 325-329. — Бібліогр.: 7 назв. — укр. |
Репозитарії
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraineid |
irk-123456789-177548 |
---|---|
record_format |
dspace |
spelling |
irk-123456789-1775482021-02-17T01:25:58Z In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 Поліщук, Л.В. Аналіз та оцінка генетичних ресурсів The aims – to find of gvp-clasters in the genome of S. globisporus 1912-2. Methods. The programs BLASTN were used for in silico analysis of the S. globisporus 1912-2 contigs library. Results. Two gvp-clusters in the library of S. globisporus 1912-2 chromosome fragments were found. One gvp-cluster was localized on Contig 264, the second cluster – on Contig 756 and Contig 781. Both gvp-clusters contain 10 genes in traditional order for streptomycetes cluster: gvpO - A - F - G - Y - Z - J - L - S - K. Conclusions. In silico analysis of the primary structures of two S. globisporus 1912-2 gvp-clusters did not find significant homology in their nucleotide sequences, therefore we could suggest that they were orthologous or significant changes in their primary structures occurred as a results of mutations after duplication. Keywords: Streptomyces globisporus 1912-2, gvp-claster, homology, chromosomal DNA. 2015 Article НазваниеIn silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 / Л.В. Поліщук // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2015. — Т. 17. — С. 325-329. — Бібліогр.: 7 назв. — укр. 2219-3782 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/177548 579.873.71 : 577.113.4 : 004.9 uk Фактори експериментальної еволюції організмів Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
institution |
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
collection |
DSpace DC |
language |
Ukrainian |
topic |
Аналіз та оцінка генетичних ресурсів Аналіз та оцінка генетичних ресурсів |
spellingShingle |
Аналіз та оцінка генетичних ресурсів Аналіз та оцінка генетичних ресурсів Поліщук, Л.В. In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 Фактори експериментальної еволюції організмів |
description |
The aims – to find of gvp-clasters in the genome of S. globisporus 1912-2. Methods. The programs BLASTN were used
for in silico analysis of the S. globisporus 1912-2 contigs library. Results. Two gvp-clusters in the library of S. globisporus
1912-2 chromosome fragments were found. One gvp-cluster was localized on Contig 264, the second cluster – on Contig
756 and Contig 781. Both gvp-clusters contain 10 genes in traditional order for streptomycetes cluster: gvpO - A - F - G
- Y - Z - J - L - S - K. Conclusions. In silico analysis of the primary structures of two S. globisporus 1912-2 gvp-clusters
did not find significant homology in their nucleotide sequences, therefore we could suggest that they were orthologous or
significant changes in their primary structures occurred as a results of mutations after duplication.
Keywords: Streptomyces globisporus 1912-2, gvp-claster, homology, chromosomal DNA. |
format |
Article |
author |
Поліщук, Л.В. |
author_facet |
Поліщук, Л.В. |
author_sort |
Поліщук, Л.В. |
title |
In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 |
title_short |
In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 |
title_full |
In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 |
title_fullStr |
In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 |
title_full_unstemmed |
In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 |
title_sort |
in silico пошук gvp-кластерів streptomyces globisporus 1912-2 |
publisher |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України |
publishDate |
2015 |
topic_facet |
Аналіз та оцінка генетичних ресурсів |
url |
http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/177548 |
citation_txt |
НазваниеIn silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2 / Л.В. Поліщук // Фактори експериментальної еволюції організмів: Зб. наук. пр. — 2015. — Т. 17. — С. 325-329. — Бібліогр.: 7 назв. — укр. |
series |
Фактори експериментальної еволюції організмів |
work_keys_str_mv |
AT políŝuklv insilicopošukgvpklasterívstreptomycesglobisporus19122 |
first_indexed |
2025-07-15T15:42:34Z |
last_indexed |
2025-07-15T15:42:34Z |
_version_ |
1837728168326201344 |
fulltext |
ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17 325
In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces Globisporus 1912-2
П
ол
іщ
ук
Л
.В
.
Газові вакуолі були здебільш знайдені у
водних прокаріот як фото-, так і хемотрофних
(пурпурних, сірчаних, зелених бактерій, дея-
ких ціанобактерій і клостридій та ряду інших).
Плавучість їх регулюється шляхом зміни чис-
ла та розміру аеросом. Протеїни, що утворюють
мембрани газової вакуолі кодуються кластером
gvp-генів. Наприклад, у штаму Halobacterium sp.
NrC-1 gvp-кластер містить 14 генів, а gvp-клас-
тер штаму Pseudoanabaena sp. PCC6901 – 4 гени
[1, 2].
Неочікуванно у багатьох ґрунтових мікро-
організмів (у тому числі і актиноміцетів) за допо-
могою in silico аналізу первинної будови їх хро-
мосом було виявлено кластери gvp-генів. Однак
у представників данної родини відсутні ендоци-
топлазматичні включення такого різновиду як
аеросоми. Функції данних протеїнів у стрепто-
міцетів становлять великий інтерес для науков-
ців. Встановлено, gvp-кластери актиноміцетів,
наприклад, стрептоміцетів включають до 10 ге-
нів [1, 3].
Матеріали і методи
Досліджували бібліотеку контигів, що міс-
тять інформацію про первинну будову 1438 фраг-
ментів тотальної ДНК штаму S. globisporus
1912-2. Визначення нуклетидних послідовно-
стей фрагментів тотальної ДНК стрептоміце-
ту було проведено акредитованою компанією
«BaseClear» (Лейден, Голандія) у 2013 році. В ро-
боті наводяться результати in silico аналізу кон-
тигів 264 (7468 пн), 756 (5821 пн) та 781 (2520
пн). gvp-Гени локалізовані на їх фрагментах:
Contig 264 – 1582–7132 пн (5551 пн), Contig 756
– 2889–5821 пн (3084 пн), Contig 781 – 303–2519
пн (2218 пн).
Використана інформація з Інтернет баз сер-
веру NCBI «Nucleotide» та «Genome» [4]. In silico
аналіз (метод попарного вирівнювання) нуклео-
тидної будови ДНК стрептоміцетів проводили
з допомогою пакету програм BLaSTN 2.2.31+:
megablast та discontiguous megablast [5]. Вико-
ристали налаштування програми BLaSTN за за-
мовчуванням. В іn silico аналізі бібліотеки кон-
тигів S. globisporus 1912-2 у якості реперних ви-
© ПОЛІЩУК Л.В.
користовували послідовності 21 gvp-кластеру 11
стрептоміцетів (табл. 1).
Результати та обговорення
Наявність аеросом встановлено майже у 50
родів 5 класів царства The Bacteria. Була встанов-
лена будова їх gvp-кластерів та функції більшо-
сті gvp-генів [1, 2].
Однак, завдяки прогресу у царині комп’ю-
терних технологій та методів визначення нуклео-
тидної будови ДНК, було виявлено кластери
gvp-генів у ґрунтових мікроорганізмів, у яких ае-
росоми не виявлені, наприклад, у стрептомице-
тів, бацил, кишкових паличок. Крім того, вста-
новлено, що мутанти S. coelicolor a3(2), які втра-
тили обидва gvp-кластери мають здатність до
флотації у рідких середовищах [1].
Як повідомлялося раніше, для вивчення
первинної будови хромосоми S. globisporus 1912-
2 було створено бібліотеку контигів, що включа-
ла 1438 фрагментів, молекулярний розмів яких
становив від 358 пн (Contig 1421) до 75588 пн
(Contig 2). Сумарний молекулярний розмір усіх
контигів становить 7,125 мпн [6].
При аналізі іn silico бібліотеки контигів
S. globisporus 1912-2 було виявлено наявність
послідовностей, гомологічних реперним послі-
довностям gvp-кластерів (табл. 1) на 3 контигах
S. globisporus 1912-2 (Contigs 264, 781 та 756)
(табл. 2). У таблиці 2 здебільшого представлені
послідовності, для яких поріг відсіву (E-value)
становть 0. Виняток – S. scabiei 87.22, для якого
E-value = 2е-122.
Встановлено, що фрагменти послідовно-
стей контигів 756 та 781 гомологічні послідов-
ностям одних і тих же реперних gvp-кластерів
(табл. 2). Однак, наприклад, послідовність кон-
тигу 756 гомологічна фрагменту gvp3-кластеру
S. avermitilis Ma-4680 2861440 пн – 2864626 пн
(гени gvpK,S,L,J,Z,Y), а послідовність контигу
781 гомологічна фрагменту 2864925 пн – 2867124
пн (гени gvpY,G,F,a,O) (рис. 1). У той час, як по-
слідовність (1585 – 7130 пн) Contig 264 гомоло-
гічна послідовності усіх 10 генів gvp2-кластеру
S. albus DSM 41398 (7687341 – 7693045 пн).
УДК 579.873.71 : 577.113.4 : 004.9
ПОЛІЩУК Л.В.
Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України,
Україна, ДО3680, Київ МСП, вул. Академіка Заболотного, 154, e-mail: LVPolishchuk@ukr.net
IN SILICo ПОШУК gvp-КЛАСТЕРІВ sTREPTomycEs GloBisPoRus 1912-2
326 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17
Поліщук Л.В.
Таблиця 1
gvp-Кластери стрептоміцетів, що були використані як реперні
Штами стрептоміцетів Посилання в GenBank Локалізація gvp-кластерів, пн
S. coelicolor a3(2) фрагм.25/29 aL939128.1, 296500 пн 23830-29188
S. coelicolor a3(2) фрагм. 3/29 aL939106.1, 314100 пн 101016-106218
S. lividans TK24 CP009124.1, 8345283 пн 1316696-1322048
7676311-7681459
S. avermitilis Ma-4680 = NBrC 14893 Ba000030.3, 9025608 пн 746752-750848
2307611-2312879
2861430-2867207
S. scabiei 87.22 FN554889, 10148695 пн 1952635-1958115
4318447-4323402
S. pratensis aTCC 33331 CP002475.1, 7337497 пн 300816-306378
Streptomyces sp. PaMC26508 CP003990.1, 7526197пн 7201966-7207300
Streptomyces sp. Sirexaa-E CP002993.1, 7414440 пн 7274383-7280090
S. albus DSM 41398 CP010519.1, 8384669 пн 4428226-4432827
7687287-7693052
S. albus J1074 CP004370.1, 6841649 пн 5038209-5043486
S. venezuelae aTCC 10712 Fr845719.1, 8226158 пн 411040-416610
7502637-7506707
S. rapamycinicus NrrL 5491 CP006567.1, 12700734 пн 1909544-1913233
3056067-3059885
4928360-4931998
9184485-9187989
Таблиця 2
Гомологія нуклеотидної будови фрагментів ДНК s. globisporus 1912-2 та реперних послідовностей стрептоміце-
тів*
Показники гомології первинної будови послідовностей ДНК стрептоміцетів (Query)
Contig 264 (1582-7132 пн) Contig 781 (303-2519 пн) Contig 756 (2389-5821 пн)
S. albus DSM 41398
CP010519.1
(7687341-7693045 пн)
Id. - 72% Q.c. - 96%
S. avermitilis Ma-4680
Ba000030.3
(2864925 - 2867124 пн)
Id. - 75% Q.c. - 86%
S. avermitilis Ma-4680
Ba000030.3
(28614400 -2864500 пн)
Id. - 73% Q.c. - 98%
S. venezuelae aTCC 10712
Fr845719.1,
(411060-416553 пн)
Id. - 71% Q.c. - 90%
S. pratensis aTCC 33331
CP002475.1
(304109 - 306275 пн)
Id. - 74% Q.c. - 99%
S. pratensis aTCC 33331 CP002475.1
(300816 - 303869 пн)
Id. - 73% Q.c. - 97%
S. scabiei 87.22
FN554889,
(4318832-4323394 пн)
Id. - 74% Q.c. - 55%
S. sp. PaMC26508
CP003990.1
(7201978 -7204055 пн)
Id. - 74% Q.c. - 95%
S. sp. PaMC26508
CP003990.1
(7204289-7207300 пн)
Id. - 73% Q.c. - 97%
Streptomyces sp. Sirexaa-E
CP002993.1
(7274464 -7276662 пн)
Id. - 72% Q.c. - 99%
Streptomyces sp. Sirexaa-E
CP002993.1
(7276987-7280090 пн)
Id. - 72% Q.c. - 97%
П р и м і т к и: Id. – ідентичність нуклеотидної будови послідовностей ДНК стрептоміцетів, Q.c. (Query cover – по-
криття запросу), * – попарне вирівнювання проводили програмою bl2seq: discontiguous megablast.
ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17 327
In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2
S. scabiei 87.22 відсутній gvpL-ген, а в gvp2-клас-
тері S. venezuelae aTCC 10712 (7502637 пн –
7506707 пн) gvpY- та Z-гени локалізовані перед
gvpО-геном. Крім того, встановлено, що ряд ге-
нів у gvp-кластерах стрептоміцетів є паралогіч-
ними (gvpА-gvpJ-gvpS та gvpF-gvpL) [1, 2, 7].
Наш in silico аналіз показав, що обидва клас-
тери gvp-генів S. globisporus 1912-2 мають кла-
сичну будову як по кількості генів, так і по їх по-
рядку у кластері:
gvpO - a - F - G - Y - Z - J - L - S - K.
за літературними данними, іn silico аналіз
послідовностей gvp-кластерів одного і того ж
штаму стрептоміцета, виявив, що, як загалом по-
слідовність цих кластерів, так і окремих їх генів
не є ідентичними за нуклеотидною будовою [1].
Так, ідентичность 2 gvp-кластерів S. coelicolor
a3(2) становить 72 %, однак гомологічними
є тільки 27 % довжини послідовності. Однак
знайдена значна гомологія первинної будови
gvp-кластерів різних штамів стрептоміцетів: так
98 % довжини gvp-кластера S. coelicolor a3(2) на
фрагментi 3/29 (aL939106.1 – 101016-106218 пн)
є ідентичними на 99 % gvp2-кластеру S. lividans
TK24 (CP009124.1 – 7676311-7681459 пн).
Наш іn silico аналіз показав, що окремі по-
слідовності gvp-кластерів S. globisporus 1912-2
мають значну гомологію, однак довжина гомоло-
гічних фрагментів не перевищує 30 % загальної
довжини кластеру (табл. 3).
In silico аналізом (megablast) показана іден-
тичність ряду окремих невеликих фрагментів
3 досліджуваних контигів S. globisporus 1912-
2. Так, виявлена гомологія кількох фрагментів
Contig 264 та Contig 756, найбільші з яких у (від-
повідно 533 пн та 773 пн) гомологічні gvpZ-ге-
нам. Довжина gvpZ-гена S. venezuelae aTCC
10712 становить 1140 пн, а gvpZ-ген S. avermitilis
Ma-4680 – 1131 пн. Встановлено, що ідентичні
між собою фрагменти в послідовностей Contig
за даними літератури, у більшості просікве-
нованих хромосом стрептоміцетів було виявлено
gvp-кластери [1, 3, 7]. Встановлено, що стрепто-
міцетна хромосома може включати до 4 gvp-клас-
терів. Наприклад, у штаму S. pratensis aTCC
33331 виявлено 1 gvp-кластер (локалізований
на фрагменті 2300816 пн – 306378 пн), а у шта-
му S. rapamycinicus NrrL 5491 – 4 gvp-кластер
(1909544 пн – 1913233 пн, 3056067 пн – 3056378
пн, 4928360 пн – 4931998 пн, 9184485 пн – 9187989
пн). Показано, що у актиноміцетів кількість клас-
терів gvp-генів у хромосомі корелює з її довжиною.
Так, довжина хромосоми штаму S. rapamycinicus
NrrL 5491 (GenBank CP002475.1) становить
7337497 пн, а штаму S. rapamycinicus NrrL 5491
(CP006567.1) – 12700734 пн. Цікавим є те, що в
хромосомі S. griseus subsp. griseus NBrC 13350
(aP009493, 8545929 пн) не було виявлено жодно-
го gvp-кластеру [4]. Виявлений найбільший фраг-
мент S. griseus в 387 пн (6635477-6635863 пн), по-
слідовність якого ідентична на 76 % послідовно-
сті gvpO-гена (4428226-4428651 пн) S. albus DSM
41398 (90 %). Протеїн BaG2248 (156 aa) детермі-
нує стресовий протеїн aSP23 [4, 5].
Нами встановлено наявність послідовно-
сті 2 gvp-кластерів на хромосомі S. globisporus
1912-2. Сумарний молекулярний розмір усіх
1438 контигів бібліотеки становив 7125 тпн. Од-
нак ми вважаємо, що бібліотека містить інфор-
мацію відносно менше, ніж 90 % нуклеотидної
послідовності хромосоми мікроорганізму, тому
можливa наявність у хромосомі 3 gvp-кластеру.
за даними літератури gvp-кластери стрепто-
міцетів можуть містити до 10 генів (наприклад,
обидва gvp-кластери S. coelicolor a3(2)) [1, 7] .
Показано, що послідовність генів у більшо-
сті кластерів стрептоміцетів мають подібний по-
рядок: gvpO, a, F, G, Y, Z, J, L, S, K. У той же
час зареєстровані випадки відсутності окремих
gvp-генів та відмінної їх послідовності в класте-
рі. Так, в gvp2-кластері (4318447 пн – 4323403 пн)
Рис. 1. Локалізація гомологічних послідовностей контигів S. globisporus 1912-2 (756 та 781) відносно генів
gvp3-кластеру S. avermitilis Ma-4680
328 ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17
Поліщук Л.В.
Обидва gvp-кластери S. globisporus 1912-2 міс-
тять по 10 генів і мають традиційний для стреп-
томіцетів порядок їх у кластері: gvpO - A - F -
G - Y - Z - j - L - S - K. Показано, що тільки не-
великі послідовності gvp-кластерів S. globisporus
1912-2 мають достатню гомологію.
Висновки
Встановлена наявність двох gvp-кластерів
у хромосомі S. globisporus 1912-2, що містять по
10 генів і мають традиційний для стрептоміцетів
порядок їх у кластері: gvpO - A - F - G - Y - Z - j -
L - S - K. Кластери gvp-генів S. globisporus 1912-
2 не мають значної взаємної гомології нуклео-
тидної будови послідовностей, тому можна вва-
жати їх ортологічними чи припустити, що стали-
ся значні зміни їх первинної будови в наслідок
мутацій після дуплікації.
264 та Contig 781 (відповідно 132 пн та 164 пн)
є частиною gvpА-генів. gvpА-ген S. venezuelae
aTCC 10712 має довжину 438 пн, а gvpА-ген
S. avermitilis Ma-4680 – 471 пн (рис. 2).
Відсутність значної гомології нуклеотид-
ної будови різних gvp-кластерів одного і того ж
мікроорганізму (наприклад, S. coelicolor a3(2),
S. lividans TK24 чи S. globisporus 1912-2) надає
можливість припускати, що значні зміни їх пер-
винної будови сталися після дуплікації в наслі-
док мутацій чи ортологічність їх походження.
Таким чином, у бібліотеці контигів тоталь-
ної ДНК S. globisporus 1912-2 було виявлено
3 контиги (264, 756 та 781), на яких містилися
2 gvp-кластери. Один з gvp-кластерів локалізова-
ний на фрагменті Contig 264 (1582–7132 пн), дру-
гий кластер – на фрагментах 2 контигів (Contig
756 – 2889-5821 пн та Contig 781 – 303-2519 пн).
Рис. 2. Локалізація гомологічних послідовностей контигів 756 та 781 S. globisporus 1912-2 відносно генів
gvp-кластеру Contig 264
Таблиця 3
Гомологія послідовностей gvp-кластерів s. globisporus 1912-2*
Query \ Subject Contig 264 Contig 756 Contig 781
Contig 264 100 % Id. 69 %, Q.c. 16 % Id. 80 %, Q.c. 6 %
Contig 756 Id. 69 %, Q.c. 37 % 100 % 0 %
Contig 781 Id. 80 %, Q.c. 16 % 0 % 100 %
П р и м і т к и: Id. – ідентичність нуклеотидної будови послідовностей ДНК стрептоміцетів, Q.c. (Query cover – по-
криття запросу), * – попарне вирівнювання проводили програмою bl2seq: megablast.
ISSN 2219-3782. Фактори експериментальної еволюції організмів. 2015. Том 17 329
In silico пошук gvp-кластерів Streptomyces globisporus 1912-2
ЛІТЕРАТУРА
1. van Keulen G., Hopwood D.a., Dijkhuizen L., Sawers r.G. Gas vesicles in actinomycetes: old buoys in novel habitats? // Trends
Microbiol. – 2005. – 13, N 8. – P. 350–354.
2. Pfeifer F. Distribution, formation and regulation of gas vesicles // Nat. rev. Microbiol. – 2012. – 10, N 10. – P. 705–715.
3. Walsby a.E., Dunton P.G. Gas vesicles in actinomycetes? // Trends Microbiol. – 2006. – 14, N 3. – P. 399–400.
4. The National Center for Biotechnology Informatin [Електронний ресурс]. – Режим доступу: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
nucleotide/ та http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/.
5. The National Center for Biotechnology Informatin [Електронний ресурс]. – Режим доступу: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.
cgi BLaSTN (bl2seq: megablast, discontiguous мegablast).
6. Полищук Л.В., Мацелюх Б.П. рРНК-гены актиномицетов, гомологичные генам рРНК-кластеров Streptomyces globisporus
1912-2 // Фактори генетичної еволюції організмів. – 2014. – 14. – С. 129–133.
7. Karoonuthaisiri N., Weaver D., Huang J., Cohen S.N., Kao C.M. regional organization of gene expression in Streptomyces
coelicolor // Gene. – 2005. – 353, N 1. – P. 53–66.
POLISHCHUK L.V.
Zabolotny Institute of Microbiology and Virology of Natl. Acad. Sci. of Ukraine,
Ukraine, 03680, Kyiv, Akademika Zabolotnogo str., 154, е-mail: LVPolishchk@ukr.net
IN SILICo SEACHING OF sTREPTomycEs GloBisPoRus 1912-2 GVP-CLASTERS
The aims – to find of gvp-clasters in the genome of S. globisporus 1912-2. Methods. The programs BLaSTN were used
for in silico analysis of the S. globisporus 1912-2 contigs library. Results. Two gvp-clusters in the library of S. globisporus
1912-2 chromosome fragments were found. One gvp-cluster was localized on Contig 264, the second cluster – on Contig
756 and Contig 781. Both gvp-clusters contain 10 genes in traditional order for streptomycetes cluster: gvpO - a - F - G
- Y - Z - J - L - S - K. Conclusions. In silico analysis of the primary structures of two S. globisporus 1912-2 gvp-clusters
did not find significant homology in their nucleotide sequences, therefore we could suggest that they were orthologous or
significant changes in their primary structures occurred as a results of mutations after duplication.
Keywords: Streptomyces globisporus 1912-2, gvp-claster, homology, chromosomal DNa.
|