Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК

Досліджено олігорибонуклеотидний склад сумарної дріжджової РНК, що входить до складу противірусного препарату широкого спектра дії Нуклекс. Для аналізу природних рибонуклеотидів використано методи рідинної хроматографії та мас-спектрометрії MALDI-Tof-Tof. У складі сумарної дріжджової РНК встановлен...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Дата:	2021
Автори:	Ткачук, З.Ю., Левченко, С.М.
Формат:	Стаття
Мова:	Ukrainian
Опубліковано:	Видавничий дім "Академперіодика" НАН України 2021
Назва видання:	Доповіді НАН України
Теми:	Біологія
Онлайн доступ:	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/180412
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!
Назва журналу:	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
Цитувати:	Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК / З.Ю. Ткачук, С.М. Левченко // Доповіді Національної академії наук України. — 2021. — № 2. — С. 115-122. — Бібліогр.: 14 назв. — укр.

Репозитарії

Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine

id	irk-123456789-180412
record_format	dspace
spelling	irk-123456789-1804122021-09-24T01:26:13Z Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК Ткачук, З.Ю. Левченко, С.М. Біологія Досліджено олігорибонуклеотидний склад сумарної дріжджової РНК, що входить до складу противірусного препарату широкого спектра дії Нуклекс. Для аналізу природних рибонуклеотидів використано методи рідинної хроматографії та мас-спектрометрії MALDI-Tof-Tof. У складі сумарної дріжджової РНК встановлено три основні фракції: перша — від 2 до 4 нуклеотидів, друга — від 4 до 7, третя — від 10 до 15. Зроблено висновок, що досліджувана РНК містить олігорибонуклеотиди різної довжини, а саме від 4 до 15 ланок. To find out the composition of oligoribonucleotides of total yeast RNA ingredient that is present in antiviral drug Nuclex with multiple actions and immunomodulator Nucleinat, are liquid chromatography and mass spectrometry MALDI-Tof-Tof methods were used for ribonucleotides analysis. It was shown that the total yeast RNA contains three main fractions: the first one — from 2 to 4 nt, the second one — from 4 to7 nt and the third one — from 10 to 15 nt. It is shown that the total yeast RNA contains different oligoribonucleotides with lengths from 4 to 15 nt. 2021 Article Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК / З.Ю. Ткачук, С.М. Левченко // Доповіді Національної академії наук України. — 2021. — № 2. — С. 115-122. — Бібліогр.: 14 назв. — укр. 1025-6415 DOI: doi.org/10.15407/dopovidi2021.02.115 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/180412 577.113.6:577.322:543.51 uk Доповіді НАН України Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
institution	Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine
collection	DSpace DC
language	Ukrainian
topic	Біологія Біологія
spellingShingle	Біологія Біологія Ткачук, З.Ю. Левченко, С.М. Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК Доповіді НАН України
description	Досліджено олігорибонуклеотидний склад сумарної дріжджової РНК, що входить до складу противірусного препарату широкого спектра дії Нуклекс. Для аналізу природних рибонуклеотидів використано методи рідинної хроматографії та мас-спектрометрії MALDI-Tof-Tof. У складі сумарної дріжджової РНК встановлено три основні фракції: перша — від 2 до 4 нуклеотидів, друга — від 4 до 7, третя — від 10 до 15. Зроблено висновок, що досліджувана РНК містить олігорибонуклеотиди різної довжини, а саме від 4 до 15 ланок.
format	Article
author	Ткачук, З.Ю. Левченко, С.М.
author_facet	Ткачук, З.Ю. Левченко, С.М.
author_sort	Ткачук, З.Ю.
title	Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК
title_short	Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК
title_full	Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК
title_fullStr	Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК
title_full_unstemmed	Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК
title_sort	мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової рнк
publisher	Видавничий дім "Академперіодика" НАН України
publishDate	2021
topic_facet	Біологія
url	http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/180412
citation_txt	Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК / З.Ю. Ткачук, С.М. Левченко // Доповіді Національної академії наук України. — 2021. — № 2. — С. 115-122. — Бібліогр.: 14 назв. — укр.
series	Доповіді НАН України
work_keys_str_mv	AT tkačukzû masspektrometričnijanalízolígoribonukleotidívsumarnoídríždžovoírnk AT levčenkosm masspektrometričnijanalízolígoribonukleotidívsumarnoídríždžovoírnk
first_indexed	2025-07-15T20:23:26Z
last_indexed	2025-07-15T20:23:26Z
_version_	1837745843935903744
fulltext	115 БІОЛОГІЯ BIOLOGY ISSN 1025-6415. Допов. Нац. акад. наук Укр. 2021. № 2: 115—122 Ц и т у в а н н я: Ткачук З.Ю., Левченко С.М. Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумар- ної дріжджової РНК. Допов. Нац. акад. наук Укр. 2021. № 2. С. 115—122. https://doi.org/10.15407/dopovidi 2021.02.115 В усьому світі науковці значну увагу приділяють розробці лікарських препаратів на основі нуклеїнових кислот чи їх хімічно модифікованих фрагментів [1—3]. Значною перевагою фармакологічних препаратів на основі рибонуклеотидів є те, що за своєю природою вони практично не відрізняються від речовин, існуючих у природі. Проте природні РНК in vivo є дуже нестабільними молекулами, що призводить до їх швидкої деградації у разі потра- пляння в організм і, відповідно, ускладнює їх використання як ліків у чистому вигляді. Серед можливих шляхів вирішення даної проблеми найпоширенішими є хімічні модифі- кації та додавання до РНК речовин, які дають можливість збільшити їх час життя в орга- нізмі, не змінюючи при цьому їх лікувальні властивості [4]. Результатом досліджень на- шої лабораторії в даній галузі стала поява противірусного препарату, створеного на основі природної РНК, — Нуклекс [5]. Для більш глибокого розуміння механізмів дії даного пре- парату та для створення більш ефективних РНК-вмісних препаратів насамперед необхідно детально дослідити олігорибонуклеотидний склад РНК. Адже загальновідомо, що РНК за- лежно від їх нуклеотидної послідовності та конформації беруть участь у регуляції різно- манітних функцій у клітинах живих організмів. Так, наприклад, РНК-аптамери залежно від їх довжини здатні модулювати функції білків певного типу, зв’язуючись з ними з високою афінністю та інгібуючи їх активність [6]. https://doi.org/10.15407/dopovidi2021.02.115 УДК 577.113.6:577.322:543.51 З.Ю. Ткачук, С.М. Левченко Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ E-mail: ztkachuk@bigmir.net Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК Представлено академіком НАН України М.А. Тукалом Досліджено олігорибонуклеотидний склад сумарної дріжджової РНК, що входить до складу противірусно- го препарату широкого спектра дії Нуклекс. Для аналізу природних рибонуклеотидів використано методи рідинної хроматографії та мас-спектрометрії MALDI-Tof-Tof. У складі сумарної дріжджової РНК вста- новлено три основні фракції: перша — від 2 до 4 нуклеотидів, друга — від 4 до 7, третя — від 10 до 15. Зробле- но висновок, що досліджувана РНК містить олігорибонуклеотиди різної довжини, а саме від 4 до 15 ланок. Ключові слова: дріжджова РНК, рибонуклеотиди, рідинна хроматографія, мас-спектрометрія MALDI-Tof-Tof. 116 ISSN 1025-6415. Dopov. Nac. akad. nauk Ukr. 2021. № 2 З.Ю. Ткачук, С.М. Левченко Мас-спектрометрія належить до методів, які дають змогу досить швидко з високою точністю провести аналіз як самих нуклеїнових кислот, так і їх комплексів з білками та ін шими лігандами [7—9]. Зокрема, найпоширенішим методом мас-спектрометрії для дос- лідження біополімерів (білків, пептидів, нуклеїнових кислот, олігонуклеотидів і т.д.) є MALDI-Tof-Tof (matrіx-assіsted laser desorbtіon and ionіsatіon tіme-of-flіght/ tіme-of-flіght mass speсtrometry, часопролітна мас-спектрометрія з матрично-активованою лазерною де- сорбцією/іонізацією). Однією зі значних переваг даного методу є можливість з мінімаль- ними затратами досліджуваних речовин (0,5—2 мкл) отримати багато важливої інфор- мації: значення молекулярної маси з високою точністю, чистоту досліджуваного зразка, ідентифікувати наявні в ньому домішки тощо. Аналіз РНК методом MALDI-Tof-Tof дещо ускладнюється через певні особливості методики приготування зразків, тоді як для пеп- тидів та білків вже існує ряд розроблених стандартних протоколів [10]. Матеріали і методи. Для досліджень використовували комерційну дріжджову РНК, яка являє собою фракцію низькомолекулярних олігорибонуклеотидів. Розділення сумарної дріжджової РНК методом високоефективної рідинної хромато- графії проводили з використанням обернено-фазової колонки SourceTM 5RPC 4.6/15. Для градієнтного елюювання використовували розчинники 200 мМ TEAA, pH 7,0/ацетоніт- рил (ACN). Буфер А: 200 мМ TEAA, буфер В: 50 % ACN і 200 мМ TEAA. Перед викорис- танням усі розчини фільтрували та дегазували [11]. Сигнал детектували УФ-детектором на довжинах хвиль 254 і 280 нм. Для подальшого аналізу зразок збирали за допомогою ко- лектора фракцій. Об’єм кожної фракції становив 1 мл. Для визначення чистоти РНК за значенням співвідношення А260/А280 використову- вали спектрофотометр NanoDrop (Thermo Scientific, США). Вибрані фракції висушували шляхом вакуумного центрифугування при температурі 20 С за допомогою SpeedVacTM (Thermo Scientific, США) протягом 4—5 год. Перед нанесенням зразків для зменшення кількості іонів калію та натрію проводили процедуру знесолення за допомогою С18ZipTip (Millipore, США). Використаний прото- кол Millipore ZipTips для MALDI-Tof мас-спектрометрії описаний на офіційному сайті ви- робника (Millipore). Зразки наносили на гідрофобний AnchorChipTM (Bruker Daltonics, Німеччина), який сприяє концентруванню зразка в центрі лунки після нанесення, що значно покращує якість сигналу. Рис. 1. Підкладка AnchorChipTM з нанесеним зразком (а) і збільшене зображен- ня кристалізованого зразка разом з матричним реагентом (б) 117ISSN 1025-6415. Допов. Нац. акад. наук Укр. 2021. № 2 Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК Мас-спектрометричний аналіз проводили на MALDI-Tof-Tof спектрометрі (UltrafleXtrem MALDI-Tof-Tof mass spectrometer, Bruker Daltonics, Німеччина). Паспортна точність вимі- рювання мас становить 0,05 %, вимірювання проводили в діапазоні 500—15 000 m/z. Застосовували Н+-матричну іонізацію білків і олігонуклеотидів за допомогою 2,4,6-три- гідроацетофенону моногідрату (THAP, Sigma-Aldrich, США). Молекулярну масу визнача- Рис. 2. MALDI-Tof-Tof мас-спектри сумарної дріжджової РНК (а) і сумарної дріжджової РНК із її попереднім знесоленням за допомогою С18ZipTip (б) 118 ISSN 1025-6415. Dopov. Nac. akad. nauk Ukr. 2021. № 2 З.Ю. Ткачук, С.М. Левченко ли, віднімаючи від значення m/z однозарядженого іона оди- ницю (молекулярна маса Н+ становить 1,007 Да). Проводили калібрування приладу з вико- рис танням калібрувальних сумішей залежно від діапазону m/z OCS LMW (#217028) та OCS (#206200) від виробника мас-спектрометра (Bruker Dal- tonics). Матричний реагент готували, розчиняючи 18 мг THAP, 5 мг цитрат амонію двох- основний в 1 мл розчину ацетонітрил : вода 50 : 50. Для нанесен ня брали 0,5—1 мкл суміші розчинів досліджуваного зразка й реагента (1 : 1). Використову вали лінійний режим робо- ти часопролітного детектора. Спектри обробляли в програмі Flex Analysis 3.3. Результати та обговорення. Значною перешкодою для отримання мас-спектрів РНК з якісним розділенням є висока здатність РНК до утворення аддуктів з іонами калію та на- трію. Наявність таких аддуктів призводить до зменшення сигналу та уширення піків, що, у свою чергу, ускладнює визначення молекулярної маси олігорибонуклеотидів з високою точністю [12]. Додавання цитрату амонію двохосновного під час приготування зразків зумовлює зменшення здатності РНК утворювати комплекси з лужними металами [13]. Показано, що для ефективної іонізації олігонуклеотидів з молекулярною масою до 7 кДа найбільше підходить матриця THAP з додаванням цитрату амонію двохосновного [14]. Для покращення якості сигналу матричний реагент та аналіт наносили на підкладку AnchorChipTM (рис. 1, а) з гідрофобними лунками, що дає можливість концентрувати зра- зок в її центрі і, відповідно, забезпечує більш рівномірну кристалізацію зразка на всій по- верхні, з якої детектується сигнал (див. рис. 1, б). Діаметр кристалізованого зразка стано- вив порядку 0,3—1 мм. Застосування даної методики для дослідження сумарної дріжджової РНК дало змогу отримати мас-спектр (рис. 2, а) достатньої інтенсивності. Спроби використання інших матриць та інших методик нанесення зразків на підкладку були менш вдалими. Як видно з рис. 2, а отриманий мас-спектр характеризується наявністю піків в області від 600 до 2100 Да. Велика кількість піків значно утруднює аналіз даних, зокрема ідентифікацію піків, які належать власне РНК чи її аддуктам з іонами лужних металів. Для покращення роздільної здатності мас-спектрів РНК було використано додаткову процедуру знесолення РНК перед її нанесенням на підкладку за допомогою С18ZipTip. Як і очікувалося, це дало можливість покращити якість отриманого спектра (див. рис. 2, б). Таким чином, мас-спектр досліджуваної РНК містить шість груп піків з молекуляр- ною масою від 600 до 2100 Да, які належать коротким олігорибонуклеотидам різного скла- Рис. 3. Хроматограма сумарної дріж джової РНК: червона лінія — оптична густина при 254 нм, синя — при 280 нм 119ISSN 1025-6415. Допов. Нац. акад. наук Укр. 2021. № 2 Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК Рис. 4. MALDI-Tof-Tof мас-спектри фракцій РНК D12 (а), Е2 (б) і 2F7 (в) 120 ISSN 1025-6415. Dopov. Nac. akad. nauk Ukr. 2021. № 2 З.Ю. Ткачук, С.М. Левченко ду завдовжки від 2 до 8 ланок. Фрагменти більшої молекулярної маси за допомогою методу MALDI-Tof-Tof зафіксувати не вдалося. Для підвищення ефективності препарату необхідно дослідити залежність противірус- ної активності від довжини олігорибонуклеотидів. З цією метою насамперед необхідно їх розділити за масою та впевнитися, що таке розділення відбулося. Для досягнення даного завдання було поєднано методи рідинної хроматографії та мас-спектрометрії. Для розділення сумарної дріжджової РНК на олігорибонуклеотиди різної маси засто- совували високоефективну рідинну хроматографію. Як буфер використовували триетил- амоніум ацетат з рН 7, який одночасно підходить і для розділення РНК, і для подальшого мас-спектрометричного аналізу. Після розділення хроматограма містить три основних піки (рис. 3). Фракції з кожного піка були відібрані для подальшого аналізу за допомогою мас-спектрометрії. Відібрані фракції концентрували та висушували шляхом вакуумного центрифугування при темпе- ратурі 20 С протягом 4—5 год. Також була спроба розділити олігорибонуклеотиди з дріжджової РНК з використан- ням як рухомої фази розчину HFIP (гексафлюороізопропанол), проте аналіз отриманих мас-спектрів показав, що всі зібрані фракції незалежно від часу їх елюції містили олігори- бонуклеотиди завдовжки від 2 до 15 ланок. Перед мас-спектрометричним аналізом перевірялася чистота фракцій, отриманих з РНК на спектрофотометрі NanoDrop за співвідношення A260/A280. Для всіх відібраних фрак- цій значення A260/A280 варіювалося в межах 1,77—2,28. На рис. 4, а зображено мас-спектр фракції РНК з першого піка — D12. Як видно з ри- сунка, дана фракція містить лише низькомолекулярні фрагменти з молекулярною масою в діапазоні m/z від 670 до 1200, що в середньому відповідає олігорибонуклеотидам завдов жки порядку 2—4 ланок. Фракції Е2 та 2F7 містять фрагменти дріжджової РНК завдовжки від 4 до 7 та від 10 до 15 ланок відповідно (див. рис. 4, б, в). Висновки. За допомогою мас-спектрометрії підтверджено ефективність розділення досліджуваної РНК за довжиною олігорибонуклеотидів, що входять до її складу. Резуль- тати аналізу MALDI-Tof-Tof мас-спектрів свідчать про те, що піки на хроматограмі на лежать олігорибонуклеотидам різної довжини, а саме: від 2 до 4 ланок (фракція D12), від 4 до 7 (фракція Е2) та від 10 до 15 (фракція 2F7). ЦИТОВАНА ЛІТЕРАТУРА 1. Sullenger B.A., Gilboa E. Emerging clinical applications of RNA. Nature. 2002. 418. P. 252—258. https://doi. org/10.1038/418252a 2. Biesecker G., Dihel L., Enney K., Bendele R.A. Derivation of RNA aptamer inhibitors of human complement C5. Immunopharmacology. 1999. 42, № 1-3. P. 219—230. https://doi.org/10.1016/s0162-3109(99)00020-x 3. Sundaram P., Kurinawan H., Byrne M.E., Wower J. Therapeutic RNA aptamers in clinical trials. Eur. J. Pharm. Sci. 2013. 48. P. 259—271. https://doi.org/10.1016/j.ejps.2012.10.014 4. Burnett J.C., Rossi J.J. RNA-based therapeutics: current progress and future prospects. Chem. Biol. 2012. 19. P. 60—71 https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2011.12.008 5. Multiantivirus compound, composition and method for treatment of virus diseases: Pat. 8722642 B2 US. Publ. 13.05.2014. 6. Keefe A.D., Pai S., Ellington A. Aptamers as therapeutics. Nat. Rev. Drug Discov. 2010. 9. P. 537—550. https:// doi.org/10.1038/nrd3141 121ISSN 1025-6415. Допов. Нац. акад. наук Укр. 2021. № 2 Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК 7. Thomas B., Akoulitchev A.V. Mass spectrometry of RNA. Trends Biochem. Sci. 2006. 31, № 3. P. 173—181. https://doi.org/10.1016/j.tibs.2006.01.004 8. Banoub J.H., Newton R.P., Esmans E., Ewing D.F., Mackenzie G. Recent developments in mass spectrometry for the characterization of nucleosides, nucleotides, oligonucleotides, and nucleic acids. Chem. Rev. 2005. 105, № 5. P. 1869—1916. https://doi.org/10.1021/cr030040w 9. Chiang C.-K., Yang Z., Lin Y.-W., Chen W.-T., Lin H.-J., Chang H.-T. Detection of proteins and protein−li- gand complexes using HgTe nanostructure matrixes in surface-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry. Anal. Chem. 2010. 82, № 11. P. 4543—4550. https://doi.org/10.1021/ac100550c 10. Jiménez C.R., Huang L., Qiu Y., Burlingame A.L. Sample preparation for MALDI mass analysis of peptides and proteins. Curr. Protoc. Protein Sci. 2001. Chapter 16, Unit 16.3. https://doi.org/10.1002/0471140864. ps1603s14 11. Apffel A., Chakel J.A., Fischer S., Lichtenwalter K., Hancock W.S. Analysis of oligonucleotides by HPLC- electrospray ionization mass spectrometry. Anal. Chem. 1997. 69, № 7. P. 1320—1325. https://doi.org/10.1021/ ac960916h 12. Huth-Fehre T., Gosine J.N., Wu K.J., Becker C.H. Matrix-assisted laser desorption mass spectrometry of oligodeoxythmidylic acids. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992. 6, № 3. P. 209—213. https://doi.org/ 10.1002/rcm.1290060312 13. Nordhoff E., Ingendoh A., Cramer R., Overberg A., Stahl B., Karas M., Hillenkamp F., Crain P.F., Chait B. Matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of nucleic acids with wavelengths in the ultraviolet and infrared. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992. 6, № 12. P. 771—776. https://doi.org/10.1002/ rcm.1290061212 14. Pieles U., Zürcher W., Schär M., Moser H.E. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry: a powerful tool for the mass and sequence analysis of natural and modified oligonucleotides. Nucleic Acids Res. 1993. 21, № 14. P. 3191—3196. https://doi.org/10.1093/nar/21.14.3191 Надійшло до редакції 17.02.2021 REFERENCES 1. Sullenger, B.A. & Gilboa, E. (2002). Emerging clinical applications of RNA. Nature, 418, pp. 252-258. https://doi.org/10.1038/418252a 2. Biesecker, G., Dihel, L., Enney, K. & Bendele, R.A. (1999). Derivation of RNA aptamer inhibitors of human complement C5. Immunopharmacology, 42, № 1-3, pp. 219-230. https://doi.org/10.1016/s0162- 3109(99)00020-x 3. Sundaram, P., Kurinawan, H., Byrne, M.E. & Wower, J. (2013). Therapeutic RNA aptamers in clinical trials. Eur. J. Pharm. Sci., 48, pp. 259-271. https://doi.org/10.1016/j.ejps.2012.10.014 4. Burnett, J.C. & Rossi, J.J. (2012). RNA-based therapeutics: current progress and future prospects. Chem. Biol., 19, pp. 60-71. https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2011.12.008 5. Pat. 8722642 B2 US, Multiantivirus compound, composition and method for treatment of virus diseases, Tkachuk, Z. Publ. 13.05.2014. 6. Keefe, A.D., Pai, S. & Ellington, A. (2010). Aptamers as therapeutics. Nat. Rev. Drug Discov., 9, pp. 537-550. https://doi.org/10.1038/nrd3141 7. Thomas, B. & Akoulitchev, A.V. (2006). Mass spectrometry of RNA. Trends Biochem. Sci., 31, № 3, pp. 173- 181. https://doi.org/10.1016/j.tibs.2006.01.004 8. Banoub, J.H., Newton, R.P., Esmans, E., Ewing, D.F. & Mackenzie, G. (2005). Recent developments in mass spectrometry for the characterization of nucleosides, nucleotides, oligonucleotides, and nucleic acids. Chem. Rev., 105, № 5, pp. 1869-1916. https://doi.org/10.1021/cr030040w 9. Chiang, C.-K., Yang, Z., Lin, Y.-W., Chen, W.-T., Lin, H.-J. & Chang H.-T. (2010). Detection of proteins and protein−ligand complexes using HgTe nanostructure matrixes in surface-assisted laser desorption/ ionization mass spectrometry. Anal. Chem., 82, № 11, pp. 4543-4550. https://doi.org/10.1021/ac100550c 10. Jiménez, C.R., Huang, L., Qiu, Y. & Burlingame A.L. (2001). Sample preparation for MALDI mass analysis of peptides and proteins. Curr. Protoc. Protein Sci., Chapter 16, Unit 16.3. https://doi.org/10.1002/0471140864. ps1603s14 З.Ю. Ткачук, С.М. Левченко 11. Apffel, A., Chakel, J.A., Fischer, S., Lichtenwalter, K. & Hancock, W.S. (1997). Analysis of oligonucleotides by HPLC-electrospray ionization mass spectrometry. Anal. Chem., 69, № 7, pp. 1320-1325. https://doi. org/10.1021/ac960916h 12. Huth-Fehre, T., Gosine, J.N., Wu, K.J. & Becker, C.H. (1992). Matrix-assisted laser desorption mass spectrometry of oligodeoxythmidylic acids. Rapid Commun. Mass Spectrom., 6, № 3, pp. 209-213. https:// doi.org/10.1002/rcm.1290060312 13. Nordhoff, E., Ingendoh, A., Cramer, R., Overberg, A., Stahl, B., Karas, M., Hillenkamp, F., Crain, P.F. & Chait, B. (1992). Matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of nucleic acids with wave- lengths in the ultraviolet and infrared. Rapid Commun. Mass Spectrom., 6, № 12, pp. 771-776. https://doi. org/10.1002/rcm.1290061212 14. Pieles, U., Zürcher, W., Schär, M. & Moser, H.E. (1993). Matrix-assisted laser desorption ionization time-of- flight mass spectrometry: a powerful tool for the mass and sequence analysis of natural and modified oligo- nucleotides. Nucleic Acids Res., 21, № 14, pp. 3191-3196. https://doi.org/10.1093/nar/21.14.3191 Received 17.02.2021 Z.Yu. Tkachuk, S.M. Levchenko Institute of Molecular Biology and Genetics of the NAS of Ukraine, Kyiv E-mail: ztkachuk@bigmir.net MASS SPECTROMETRIC ANALYSIS OF OLIGORIBONUCLEOTIDES OF TOTAL YEAST RNA To find out the composition of oligoribonucleotides of total yeast RNA ingredient that is present in antiviral drug Nuclex with multiple actions and immunomodulator Nucleinat, are liquid chromatography and mass spectrometry MALDI-Tof-Tof methods were used for ribonucleotides analysis. It was shown that the total yeast RNA contains three main fractions: the first one — from 2 to 4 nt, the second one — from 4 to7 nt and the third one — from 10 to 15 nt. It is shown that the total yeast RNA contains different oligoribonucleotides with lengths from 4 to 15 nt. Keywords: yeast RNA, ribonucleotides, liquid chromatography, MALDI-Tof-Tof mass spectrometry.

Мас-спектрометричний аналіз олігорибонуклеотидів сумарної дріжджової РНК

Репозитарії

Схожі ресурси