Гидрофобный вклад в свободную энергию комплексообразования ароматических лигандов с ДНК - Костюков, В.В.; Хомутова, Н.М.; Лантушенко, А.О.; Евстигнеев, М.П. (Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, 2009)
Рассчитана гидрофобная составляющая энергии комплексообразования двуспиральной ДНК с биологически активными ароматическими соединениями с использованием двух полуэмпирических методик – корреляций гидрофобной энергии с изменениями теплоемкости (ΔСр) и площади поверхности, доступной для растворителя (SASA). Вычислены площади данных поверхностей для свободных лигандов и олигомеров ДНК, раскрученных дуплексов ДНК и комплексов ДНК–Лиганд. Найдены изменения полярной и не полярной площадей по верхностей молекул, доступных для растворителя, присвязывании лигандов с ДНК. Рассчитаны гидрофобные вклады на обоих этапах комплексообразования. Показано, что расчет гидрофобной энергии по методу SASA является более корректным, чем метод ΔСр, для ДНК-интеркалирующих лигандов.