Связывание производного актиноцина с фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло - Шестопалова, A.V. (Біополімери і клітина, 2007)
Методом Монте Карло проведено компьютерное моделирование взаимодействия фрагментов ДНК и производного актиноцина (АсШ) с учетом водного окружения. Получены низкоэнергетические молекулярные структуры, соответствующие наиболее вероятным типам взаимодействия — связыванию АсШ в малом желобке и интеркаляиии Actll в GC-сайт с разной стехиометрией комплексов. Показано, что стабильность комплексов обусловлена Ван-дер-Ваальсовыми и электростатическими взаимодействиями, а также взаимодействием с водным окружением, молекулы которого вносят дополнительную стабилизацию за счет образования мостиков между донорско-акцепторными группами фрагментов ДНК и лигандов. Определены возможные размеры мест связывания АсШ в малом желобке ДНК, составляющие 3—4 пары нуклеотидов (п. н.) на молекулу лиганда. При интеркаляции молекул АсШ в GC-сайт размеры мест связывания очевидно больше 4 п. н. на молекулу лиганда. Полученные результаты согласуются с данными экспериментальных исследований.