Связывание производного актиноцина с фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло
Методом Монте Карло проведено компьютерное моделирование взаимодействия фрагментов ДНК и производного актиноцина (АсШ) с учетом водного окружения. Получены низкоэнергетические молекулярные структуры, соответствующие наиболее вероятным типам взаимодействия — связыванию АсШ в малом желобке и интерк...
Saved in:
| Date: | 2007 |
|---|---|
| Main Author: | |
| Format: | Article |
| Language: | Russian |
| Published: |
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
2007
|
| Series: | Біополімери і клітина |
| Subjects: | |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Journal Title: | Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine |
| Cite this: | Связывание производного актиноцина с фрагментами ДНК: моделирование методом Монте Карло / А.В. Шестопалова // Біополімери і клітина. — 2007. — Т. 23, № 1. — С. 35-44. — Бібліогр.: 22 назв. — рос., англ. |
Institution
Digital Library of Periodicals of National Academy of Sciences of Ukraine| Summary: | Методом Монте Карло проведено компьютерное моделирование взаимодействия фрагментов
ДНК и производного актиноцина (АсШ) с учетом водного окружения. Получены низкоэнергетические молекулярные структуры, соответствующие наиболее вероятным типам взаимодействия — связыванию АсШ в малом желобке и интеркаляиии Actll в GC-сайт с разной стехиометрией комплексов. Показано, что стабильность комплексов обусловлена Ван-дер-Ваальсовыми и
электростатическими взаимодействиями, а также взаимодействием с водным окружением,
молекулы которого вносят дополнительную стабилизацию за счет образования мостиков между
донорско-акцепторными группами фрагментов ДНК и лигандов. Определены возможные размеры
мест связывания АсШ в малом желобке ДНК, составляющие 3—4 пары нуклеотидов (п. н.) на
молекулу лиганда. При интеркаляции молекул АсШ в GC-сайт размеры мест связывания очевидно
больше 4 п. н. на молекулу лиганда. Полученные результаты согласуются с данными экспериментальных исследований. |
|---|